Les gènes liés à l’identité cellulaire sont contrôlés par des séquences régulatrices, composées de clusters d’enhancers appelées super-enhancers (SE). Leur activité a été notamment caractérisée dans les cellules souches embryonnaires (ESCs), cellules issues de l’épiblaste, tissu pluripotent du blastocyste. L’épiblaste se développe tout en restant pluripotent, avant de se différencier dans les différents lignages embryonnaires. Dans une étude publiée dans Nature Communications, des chercheurs de l’unité BREED (INRAE), de  l’Imperial College (Londres) et de l’Université Radboud (Nimègue, Pays-Bas), ont cherché à comprendre comment ces super-enhancers étaient remodelés dans cette importante transition développementale. Nous avons identifié deux types d'unités enhancers au sein des SE dans les ESCs de souris, caractérisées par une dynamique spécifique de méthylation de l’ADN. Ces unités sont soit désactivées, soit restent actives au moment de la sortie de pluripotence. La signature épigénétique et les facteurs de transcription qui s’y lient diffèrent selon le type d’unités. Ainsi, nous montrons un rôle pivot de ESRRB comme régulateur de l’activité des unités enhancers spécifiques des ESCs et nous proposons que l’extinction programmée de ESSRB au cours du développement déclenche la désactivation sélective de ces unités au sein des SE. Notre étude met en lumière les interactions entre la structure de la chromatine, les modifications épigénétiques et les facteurs de transcription, qui ensemble permettent une régulation fine de l’expression de gènes clés du développement.