En savoir plus

Notre utilisation de cookies

« Cookies » désigne un ensemble d’informations déposées dans le terminal de l’utilisateur lorsque celui-ci navigue sur un site web. Il s’agit d’un fichier contenant notamment un identifiant sous forme de numéro, le nom du serveur qui l’a déposé et éventuellement une date d’expiration. Grâce aux cookies, des informations sur votre visite, notamment votre langue de prédilection et d'autres paramètres, sont enregistrées sur le site web. Cela peut faciliter votre visite suivante sur ce site et renforcer l'utilité de ce dernier pour vous.

Afin d’améliorer votre expérience, nous utilisons des cookies pour conserver certaines informations de connexion et fournir une navigation sûre, collecter des statistiques en vue d’optimiser les fonctionnalités du site. Afin de voir précisément tous les cookies que nous utilisons, nous vous invitons à télécharger « Ghostery », une extension gratuite pour navigateurs permettant de les détecter et, dans certains cas, de les bloquer.

Ghostery est disponible gratuitement à cette adresse : https://www.ghostery.com/fr/products/

Vous pouvez également consulter le site de la CNIL afin d’apprendre à paramétrer votre navigateur pour contrôler les dépôts de cookies sur votre terminal.

S’agissant des cookies publicitaires déposés par des tiers, vous pouvez également vous connecter au site http://www.youronlinechoices.com/fr/controler-ses-cookies/, proposé par les professionnels de la publicité digitale regroupés au sein de l’association européenne EDAA (European Digital Advertising Alliance). Vous pourrez ainsi refuser ou accepter les cookies utilisés par les adhérents de l'EDAA.

Il est par ailleurs possible de s’opposer à certains cookies tiers directement auprès des éditeurs :

Catégorie de cookie

Moyens de désactivation

Cookies analytiques et de performance

Realytics
Google Analytics
Spoteffects
Optimizely

Cookies de ciblage ou publicitaires

DoubleClick
Mediarithmics

Les différents types de cookies pouvant être utilisés sur nos sites internet sont les suivants :

Cookies obligatoires

Cookies fonctionnels

Cookies sociaux et publicitaires

Ces cookies sont nécessaires au bon fonctionnement du site, ils ne peuvent pas être désactivés. Ils nous sont utiles pour vous fournir une connexion sécuritaire et assurer la disponibilité a minima de notre site internet.

Ces cookies nous permettent d’analyser l’utilisation du site afin de pouvoir en mesurer et en améliorer la performance. Ils nous permettent par exemple de conserver vos informations de connexion et d’afficher de façon plus cohérente les différents modules de notre site.

Ces cookies sont utilisés par des agences de publicité (par exemple Google) et par des réseaux sociaux (par exemple LinkedIn et Facebook) et autorisent notamment le partage des pages sur les réseaux sociaux, la publication de commentaires, la diffusion (sur notre site ou non) de publicités adaptées à vos centres d’intérêt.

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit des cookies sessions CAS et PHP et du cookie New Relic pour le monitoring (IP, délais de réponse).

Ces cookies sont supprimés à la fin de la session (déconnexion ou fermeture du navigateur)

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit du cookie XiTi pour la mesure d’audience. La société AT Internet est notre sous-traitant et conserve les informations (IP, date et heure de connexion, durée de connexion, pages consultées) 6 mois.

Sur nos CMS EZPublish, il n’y a pas de cookie de ce type.

Pour obtenir plus d’informations concernant les cookies que nous utilisons, vous pouvez vous adresser au Déléguée Informatique et Libertés de l’INRA par email à cil-dpo@inra.fr ou par courrier à :

INRA
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

Menu Logo Principal AgroParisTech Université Paris-Saclay SAPS - Sciences Animales Paris-Saclay

Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

L’annotation des génomes animaux domestiques made in France

Annotation des génomes animaux domestiques
Annoter le génome d’une espèce d’intérêt, c’est établir le rôle des différents éléments de celui-ci. Cette cartographie fonctionnelle permet ensuite de mieux comprendre les liens entre les gènes et les phénotypes (1). Des chercheurs d’INRAE ont lancé le projet pilote français FR-AgENCODE afin d’enrichir l’annotation du génome de quatre espèces animales d’élevage (vache, poule, chèvre et porc). Les résultats de ce travail, parus le 30 décembre 2019 dans BMC Biology, permettent d’améliorer la connaissance du fonctionnement des génomes de ces espèces, et contribuent aux objectifs de l’initiative internationale FAANG (« Functional Annotation of Animal Genomes ») (2).

L’ère du séquençage a permis d’avoir accès à la séquence génomique de plusieurs espèces végétales et animales. Ces séquences fournissent d’importantes quantités d’information qu’il faut pouvoir déchiffrer pour leur donner du sens, à l’image d’un livre dont il faudrait parler la langue pour le comprendre. Il faut donc « annoter » le génome pour le déchiffrer et découvrir ce qu’il se cache derrière les séquences d’ADN. Une fois le génome annoté, au moins en partie, il est plus aisé de comprendre les liens entre les gènes et les caractères d’un animal. L’initiative FAANG (Functional Annotation of Animal Genomes), lancée en 2015, est un projet international qui a pour objectif la création de cartes de génomes annotées pour plusieurs espèces d’animaux domestiques. Au cœur de cette initiative, INRAE a lancé le projet pilote français FR-AgENCODE dans le but d’améliorer l’annotation du génome de quatre espèces (vache, poule, chèvre et porc).

Au début du projet, l'annotation de référence répertoriait de 27 000 à 53 000 gènes selon l'espèce. Grâce aux expériences réalisées, les chercheurs ont pu détecter et annoter entre 58 000 et 85 000 gènes, doublant ainsi le nombre de gènes connus.  Entre 75 000 à 149 000 régions potentiellement impliquées dans la régulation de l'expression de ces gènes (et donc, possiblement, dans la variation des caractères qui en dépendent) ont également été détectées, la plupart dans des zones encore non-caractérisées du génome.

Les scientifiques ont analysé les différents états de l’ADN – niveau de compaction, repliement et organisation 3D - permettant ou non l’expression des gènes. La combinaison de ces informations sur des cartes d’annotation fonctionnelle permet de déterminer quelles régions de chaque génome sont actives, avec quelle temporalité, dans quel contexte, dans quelles cellules et quels tissus ; elles contribuent ainsi à la biologie prédictive.

Les données d’annotation seront utilisées à la fois pour mieux comprendre le fonctionnement des génomes animaux, mais aussi pour améliorer la précision et la robustesse de la sélection génomique. Ce projet représente donc un point d’étape crucial pour étudier le lien entre les variants génétiques présents sur la séquence d’un génome et les phénotypes à l’échelle moléculaire, cellulaire, et in fine, à l’échelle de l'individu.