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Laboratoire d'accueil: UMR 1313 Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI)

• http://www6.jouy.inra.fr/gabi 

Equipe d’accueil :Génétique Immunité Santé

Encadrement: Dr. Jordi Estellé (PhD) & Dr. Claire Rogel-Gaillard (PhD, HDR)

Financement: INRA Département Génétique Animale & BIOPORC-IFIP

Début de la thèse: Automne 2014

Ecole Doctorale:SDSV (UVSQ puis UPSay)

Salaire: environ 1400 euros net

Contexte :

La sélection des populations porcines a permis d’améliorer génétiquement l’efficacité de la croissance du tissu maigre, la qualité des carcasses et de la viande et les caractères de reproduction femelle (prolificité essentiellement). Cette sélection s’est accompagnée d’une généralisation de l’insémination artificielle (IA) et de la mise en place d’une prophylaxie à la fois sanitaire, basée sur le respect de normes sanitaires drastiques, et médicale, basée sur la vaccination et l’antibiothérapie. Les risques liés à l’apparition de plus en plus fréquente d’antibiorésistances ont conduit à une remise en cause de cette stratégie, avec l’interdiction, en Europe au début des années 2000, de l’utilisation des antibiotiques à des fins non thérapeutiques, en particulier comme facteur de croissance. La réglementation s’est traduite par une dégradation de l’état sanitaire des troupeaux et une utilisation thérapeutique accrue des antibiotiques. Elle a rapidement suscité des interrogations quant aux effets de la sélection sur la robustesse/la santé des animaux, et mis en évidence l’intérêt d’une sélection sur ces caractères.

Objectifs de la thèse et approches :

L’objectif global de la thèse est d’exploiter des informations de phénotypage, génétique et génomique pour identifier des QTN impliqués dans la capacité immune chez le porc et approfondir la recherche de biomarqueurs sanguins prédictifs de variations de niveaux de paramètres immuns. Les données disponibles et résultats déjà obtenus ont mis en évidence l’existence d’un déterminisme génétique significatif d’un grand nombre de paramètres immuns et des études d’association ont permis d’identifier des régions du génome qui expliquent une part notable de cette variabilité. Ces travaux sont à approfondir et nous faisons l’hypothèse que l’intégration de données d’expression (transcriptome sanguin) et de génotypage (puce SNP 60K) permettra, par des approches eQTL, d’affiner l’identification des régions candidates et par suite de QTN.

La thèse comportera deux parties principales :

1. l’analyse GWAS et eQTL avec comme attendu l’identification de QTN pour lesquels le candidat sera amené à réfléchir avec l’équipe aux meilleures stratégies de validation pour les QTN les plus prometteurs
2. étude des biomarqueurs sanguins de la capacité immune; selon les succès aux appels à projets, ces biomarqueurs pourront être ensuite testés sur de nouvelles populations dans des environnements différents, et/ou dans des expérimentations visant à étudier les variabilités individuelles de réponses à la vaccination

 Références utiles:

• Mach N, Berri M, Esquerré D, Chevaleyre C, Lemonnier G, Billon Y, Lepage P, Oswald IP, Doré J,Rogel-Gaillard C, Estellé J.Extensive expression differences along porcine small intestine evidenced by transcriptome sequencing.2014. PLoS One 9(2):e88515
• Mach N, Gao Y, Lemonnier G, Lecardonnel J, Oswald IP,Estellé J, Rogel-Gaillard C.The peripheral blood transcriptome reflects variations in immunity traits in swine: towards the identification of biomarkers.2013. BMC Genomics 14:894.
• Bidanel JP, Desson D, Billon Y, Oswald I,Estellé J, Rogel-Gaillard C.Paramètres génétiques de la réponse immunitaire et covariation des caractères de croissance et de carcasse chez le porc.2013. Journées Recherche Porcine 45, 219-224.
• Dawson HD, Loveland JE, Pascal G, Gilbert JG, Uenishi H, Mann KM, Sang Y, Zhang J, Carvalho-Silva D, Hunt T, Hardy M, Hu Z, Zhao SH, Anselmo A, Shinkai H, Chen C, Badaoui B, Berman D, Amid C, Kay M, Lloyd D, Snow C, Morozumi T, Cheng RP, Bystrom M, Kapetanovic R, Schwartz JC, Kataria R, Astley M, Fritz E, Steward C, Thomas M, Wilming L, Toki D, Archibald AL, Bed'Hom B, Beraldi D, Huang TH, Ait-Ali T, Blecha F, Botti S, Freeman TC, Giuffra E, Hume DA, Lunney JK, Murtaugh MP, Reecy JM, Harrow JL,Rogel-Gaillard C, Tuggle CK.Structural and functional annotation of the porcine immunome.2013. BMC Genomics 14:332.
• Derrien T,Estellé J, Marco Sola S, Knowles DG, Raineri E, Guigó R, Ribeca P.Fast computation and applications of genome mappability.2012. PLoS One.7(1):e30377.
• Flori L, Gao Y, Laloë D, Lemonnier G, Leplat JJ, Teillaud A, Cossalter AM, Laffitte J, Pinton P, de Vaureix C, Bouffaud M, Mercat MJ, Lefèvre F, Oswald IP, Bidanel JP,Rogel-Gaillard C.Immunity traits in pigs: substantial genetic variation and limited covariation.2011. PLoS One. 6(7):e22717
• Gao Y, Flori L, Lecardonnel J, Esquerré D, Hu ZL, Teillaud A, Lemonnier G, Lefèvre F, Oswald IP,Rogel-Gaillard C. Transcriptome analysis of porcine PBMCs after in vitro stimulation by LPS or PMA/ionomycin using an expression array targeting the pig immune response.2010. BMC Genomics. 11:292

Compétences requises :

Formation de base en biologie et génétique, connaissances en bioinformatique et analyse de données génomiques, bonne maîtrise des outils statistiques. Goût pour l’analyse de données. Bonne aptitude à la rédaction et à l’expression orale. Bon niveau d’anglais. Capacités de travail en équipe. La motivation du candidat(e) sera également un critère d’évaluation important.

Candidature :

Envoyer par mail un CV détaillé, une lettre de motivation, les notes et mémoire de M1, les notes de M2 (si connues) et un résumé des travaux de M2 ainsi que deux lettres de recommandation dont celle de votre encadrant de stage M2.

Date limite de candidature: 20 juin 2014