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Vous intégrerez l’unité mixte de recherche Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI, 130 permanents, Département GA, “Génétique Animale”), dont les recherches visent à comprendre et exploiter la variabilité génétique des animaux domestiques dans un contexte de transition agro-écologique. Au sein de cette unité, vous rejoindrez l’équipe GIBBS « Génomique, Biodiversité, Bioinformatique, Statistique » qui réunit des chercheurs spécialistes de l’analyse de données « -omiques » complexes et hétérogènes. Pour développer vos travaux, vous partagerez votre temps entre cette équipe et l’équipe SOLsTIS « Statistical mOdelling and Learning for environmenT and lIfe Sciences » de l’unité MIA-Paris (Mathématiques et Informatique Appliquées-Paris, 32 permanents) du département MATHNUM (Mathématiques et Science du Numérique), également localisée sur le site de Saclay. Les recherches de MIA-Paris visent à développer des méthodes statistiques et informatiques de pointe pour répondre à des questions scientifiques en sciences du vivant. L’équipe SOLsTIS comprend plusieurs chercheurs spécialistes des algorithmes d’apprentissage statistique, ouvert sur l’intelligence artificielle.

Vous conduirez des projets de développements méthodologiques en sciences des données, intelligence artificielle et apprentissage statistique pour l’analyse génétique et génomique des caractères liés à la transition agro-écologique des élevages et leur adaptation au changement climatique (résilience, adaptation et bien-être animal, diminution de l’impact environnemental) et la valorisation de la diversité génétique. Vous bénéficierez pour cela de l’environnement scientifique et de l’appui des statisticiens des deux équipes GIBBS et SOLsTIS, et renforcerez leur dynamique commune de recherche, organisée en particulier autour de l’analyse de données hétérogènes et de grande dimension en vue d’une meilleure compréhension et caractérisation des phénotypes des animaux domestiques.

Vous concevrez de nouvelles méthodes ou améliorerez des approches existantes pour l’intégration de données nombreuses et hétérogènes (multi-omiques, mesures à haut-débit et en continu, images, enregistrements de capteurs, données de géolocalisation). Vous travaillerez en complémentarité avec les scientifiques de GiBBS, qui ont une expertise en analyses multivariées et inférence de réseaux, et les scientifiques de SOLsTIS, qui apporteront leurs compétences sur les algorithmes d’intelligence artificielle et de machine learning. Dès votre arrivée, vous serez impliqué dans deux projets en lien avec le bien-être animal et des caractères d’adaptation des animaux à différents environnements. Vous interagirez également avec les généticiens de l’Unité GABI et du département GA lors de la conception et l’élaboration des projets de recherche, et pour l’interprétation de leurs résultats.

En cohérence avec la politique INRAE en matière de science ouverte, vous valoriserez vos travaux de recherche auprès de la communauté scientifique par des publications et mettrez à disposition des packages R/Python afin de permettre une large diffusion des méthodes développées. Vous aurez accès aux plateformes de calcul des sites INRAE de Jouy-en-Josas et de Toulouse (Migale, Genotoul).

Vous vous appuierez sur le riche réseau de collaborations méthodologiques déjà établi par les équipes d’accueil GIBBS et SOLsTIS et l’élargirez à différents niveaux : local, national et international. Vous interviendrez dans des formations (masters, écoles-chercheurs) et des encadrements de stagiaires et de doctorants.

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Le 17/02/2022 à 14h00
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