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Michèle Tixier-Boichard, Directrice de recherche, a commencé ses recherches sur la génétique quantitative de la poule pondeuse à Jouy-en-Josas, puis sur la génétique moléculaire de la coloration du plumage pour élargir ensuite son approche vers la caractérisation des ressources génétiques animales. Après avoir lancé l’infrastructure CRB-Anim sur les ressources génétiques animales, elle coordonne actuellement l’infrastructure RARe et anime l’équipe plateformes de l’unité Génétique animale et biologie intégrative (INRAE Île-de-France-Jouy-en-Josas-Antony). Elle œuvre au niveau national et international pour collecter, caractériser, conserver et distribuer les ressources biologiques utiles à la recherche agronomique et la connaissance de la biodiversité.

Les ressources génétiques constituent un héritage indispensable pour faire progresser la recherche et pour nous permettre de faire face aux grands défis de demain. Alimentation, tant en quantité qu’en qualité, énergie, transport, changement climatique, santé, biomatériaux… Les enjeux sont là. « Dans le futur, nous pourrons avoir besoin de certaines races d’animaux, souches de micro-organismes ou variétés de plantes, c’est pour cela que les ressources génétiques sont essentielles. Ces dernières permettent, entre autres, de soutenir l’élevage et l’agriculture d’aujourd’hui et de demain, mais aussi de participer au maintien de la biodiversité.» L’infrastructure de recherche RARe (Ressources Agronomiques pour la Recherche) est une infrastructure nationale, distribuée et multi-organismes qui a pour objectif de préserver et de caractériser les ressources biologiques et génétiques d’espèces animales, végétales, microbiennes, et de l’environnement, pour contribuer à l’évolution des systèmes agricoles en réponse aux changements globaux.

Le prix de la médaille d’argent-Dufrenoy a été décerné à Ronan Griot, pour ses travaux de thèse sur “le développement d’outils et de methods de sélection génomique chez le bar et la daurade, soutenu le 30 mars 2021 à l’Université Paris-Saclay, sous la présidence du Pr Etienne Verrier.

Résumé de la thèse de Ronan Griot:
Le bar (Dicentrarchus labrax) et la daurade (Sparus aurata) sont deux espèces majeures de l’aquaculture méditerranéenne. Comme tout élevage, l’aquaculture doit faire face à de nombreuses épidémies provoquant de fortes mortalités, que l’on peut tenter de contrôler par sélection génétique. Avec la facilité d’accès aux technologies de séquençage du génome et aux outils génomiques, la question de l’utilisation de données génomiques en sélection se pose. L’objectif de cette thèse était de développer des outils et des méthodes pour la mise en place de la sélection génomique pour améliorer la résistance à la nodavirose et à la vibriose chez le bar et à la pasteurellose chez la daurade. Dans un premier temps, nous avons développé un outil simple et opérationnel d’assignation de parenté basé sur une méthode permettant d’assigner des individus à leurs parents à partir des probabilités mendéliennes de transmission estimées sur la population à assigner. Ensuite, l’architecture génétique des caractères a été étudiée par l’estimation des composantes de la variance et par détection de QTL. Nous avons montré que la résistance à la nodavirose chez le bar est un caractère oligogénique, en partie contrôlé par un QTL à effet fort et avec une héritabilité modérée. Nous avons également pu montrer que la résistance à la vibriose chez le bar et de la résistance à la pasteurellose chez la daurade sont des caractères polygéniques dont les héritabilités sont modérées. Enfin, nous avons évalué la précision de la sélection génomique avec différentes densités de marqueurs et différentes tailles de populations d’entrainement, en utilisant ou non l’information sur le QTL de résistance à la nodavirose. Nous avons montré que la sélection génomique permet un gain de précision compris entre 8.9% et 24.5% pour les espèces et les caractères étudiés. De plus, la prise en compte de l’information du QTL de résistance à la nodavirose chez le bar permet d’augmenter la précision de 10.5% à 26.3%.Cette thèse a permis d’évaluer l’efficacité de la sélection génomique chez le bar et la daurade, de développer des outils facilitant l’utilisation des données génomique dans les schémas de sélection. Nous disposons ainsi d’un cadre opérationnel pour mettre en place et optimiser la sélection génomique chez le bar et la daurade.