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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

ETEE 2015 du 28 au 30 septembre à IMAGIF - Campus CNRS de Gif-sur-Yvette

"Empirisme et Théorie en Écologie et Évolution" 2015 vise à rassembler des biologistes, des physiciens, des informaticiens et des mathématiciens pour échanger autour de grandes questions scientifiques ayant trait à la structure et à la dynamique de la biodiversité, notamment l’évolution des génomes, l’adaptation des organismes, la génétique des populations ou l'écologie des communauté

La réunion a pour objectif d'apprécier aussi bien les questions majeures qui émergent des approches empiriques et expérimentales que les développements théoriques récents sur les modèles écologiques et évolutifs.

Denis Laloë présente un exposé dans la session "Adaptation" intitulé :

Approches factorielles pour l'analyse de l'adaptation génétique à l'environnement.

Denis Laloë, Tatiana Zerjal, (GABI – UMR 1313, INRA – AgroParisTech, 78352 Jouy-en-Josas, France)

Les analyses factorielles, et parmi elles l'analyse en composantes principales (ACP), sont très utilisées dans les étude de structuration génétique. Elles ne reposent sur aucune hypothèse explicite de différenciation, les calculs qu'elles requièrent sont rapides et peu gourmands informatiquement, et les cartes factorielles qui en sont issues permettent d'appréhender visuellement les différents types de structuration, hiérachies ou gradients.

Ces analyses sont réputées exploratoires ou descriptives. Elles offrent néanmoins des outils performants de modélisation dans des contextes massivement multivariés. Ainsi, l'ACP sur variables instrumentales (ou analyse de redondance) permet de modéliser un tableau de données X en fonction d'un nombre réduit d'autres variables (Y), en partitionnant le tableau d'origine :

X = E(X|Y) + E

Dans le contexte de la génomique des populations, X est un tableau de génotypes ou d'haplotypes établis sur des individus, et les variables du tableau Y peuvent être des facteurs (regroupement d'individus en populations), ou des variables continues (coordonnées géographiques, variables environnementales,...). On peut utiliser les résultats fournis par l'analyse (rapports d'inertie, scores des marqueurs) pour estimer Fst globales et des valeurs typologiques pour chaque marqueur, et donc quantifier la contribution des marqueurs à la construction de typologies a priori.

Un test permet d'apprécier la pertinence du modèle.

Par ce biais, la diversité génétique d'un ensemble d'individus peut s'interpréter en fonction de leur population, de leur localisation, ou de tout autre variable environnementale ou climatique.

On illustre la méthode par un exemple sur les bovins allaitants de France et leur adaptation génétique à des conditions d'élevage en montagne.