Ekaterina Tomilina, finaliste du concours Ma Thèse en 180 Secondes à l’Université Paris-Saclay.

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Ekaterina Tomilina, finaliste du concours Ma Thèse en 180 Secondes à l’Université Paris-Saclay.

Ekaterina Tomilina, doctorante de MaIAGE et GABI en finale du concours Ma Thèse en 180 Secondes à l’Université Paris-Saclay.

Son projet de thèse s’inscrit dans un projet de recherche aux interfaces des disciplines, puisqu’elle est couplée à une problématique biologique de l’INRAE concernant la fertilité des taureaux. Sa présentation a porté sur les méthodes à copules pour l'inférence de réseaux de régulation multi-omiques.

Résumé de la thèse :
Aujourd’hui, peu de méthodes permettent de faire une modélisation conjointe de ces différents types. Un problème majeur vient de l’hétérogénéité des données. Certaines peuvent aisément être modélisées avec des lois gaussiennes (données transcriptomiques par puces à ADN), d’autres sont continues mais non-gaussiennes (données épigénomiques par puces de profilage de méthylation), et d’autres encore sont discrètes (données transcriptomiques et épigénomiques par séquençage, génotypage). Or, les modèles mathématiques et statistiques dépendent fortement de la nature des données ; c’est la raison pour laquelle les modélisations proposées jusqu’à présent ont été réalisées principalement pour chaque type de données indépendamment.

Dans cette thèse, nous proposerons une modélisation conjointe de données multi-omiques en nous appuyant sur la théorie des copules. Ces dernières permettent de modéliser les interactions entre variables aléatoires de différentes natures et sont donc bien adaptées à notre objectif. Plusieurs enjeux méthodologiques seront étudiés afin d’étendre cette méthode à l’inférence de réseaux de régulation multi-omiques. La modélisation proposée sera appliquée à des problématiques biologiques étudiées à INRAE, en particulier dans le cadre de projets du Département de Génétique Animale.

Thèse cofinancée
Date de démarrage : octobre 2022
Unité d'accueil : UR 1404 MaIAGE (Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement)
Centre INRAE : Jouy-en-Josas
Université : Université Paris Saclay
École doctorale : Ecole Doctorale EDMH
Discipline / Spécialité : Mathématiques aux interfaces
Directeurs de thèse : Gildas MAZO (INRAE, MaIAGE), Florence JAFFREZIC (INRAE, GABI)
Encadrant(es) : Gildas MAZO, Florence JAFFREZIC
Financement : Métaprogramme DIGIT-BIO / École Doctorale EDMH
Axe du métaprogramme : axe 1 (Décryptage multi-échelle des fonctions du vivant : régulations et intégration)

Contact :

  • Ekaterina Tomilina (UR MaIAGE)

Voir aussi

• Profil LinkedIn 
• M180 - Présentation de Ekaterina Tomilina, finalistes 2023 

Date de modification : 05 octobre 2023 | Date de création : 17 mars 2023 | Rédaction : P. Huan