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Etude des séquences mitochondriales intégrées dans le génome nucléaire bovin

Etude des séquences mitochondriales intégrées dans le génome nucléaire bovin
Des copies nucléaires de l'ADN mitochondrial (NUMT) ont déjà été décrites chez plusieurs espèces. Dans ce contexte, Dominique Rocha de l'équipe G2B et ses collaborateurs ont identifié et analysé 166 régions NUMT bovines d'une longueur totale de 430 kpb, représentant environ 0,02% du génome nucléaire du bétail. Leurs travaux sont parus dans Scientific Reports.

Des copies de toutes les régions mitochondriales ont été détectées dans le génome nucléaire, avec des degrés distincts de similitude de séquence avec le mitogénome. Certaines régions de NUMT comprennent de grands segments de mitogénome et présentent une grande similitude avec la séquence du génome d'organelle. Des régions de NUMT sont fréquemment modifiées par l'insertion de séquences répétitives et par des réarrangements de séquences. Les chercheurs ont confirmé l'existence de 29 régions NUMT par amplification PCR en utilisant l'ADN de la vache (Dominette) qui a été utilisé pour générer la séquence de référence du génome bovin, excluant la possibilité que ces NUMT puissent être des artefacts de l'assemblage du génome. Comme il existe des régions NUMT avec une grande similitude avec le mitogénome, une attention particulière est nécessaire lors de la conception d'amorces pour l'amplification de l'ADN mitochondrial. Ces résultats peuvent donc servir ) éviter la co-amplification de séquences nucléaires bovines similaires à l'ADN mitochondrial.
 
Contact scientifique :

Voir aussi

Grau, E.T., Charles, M., Féménia, M. et al. Survey of mitochondrial sequences integrated into the bovine nuclear genome. Sci Rep 10, 2077 (2020). https://doi.org/10.1038/s41598-020-59155-4