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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

De la vache au peuplier, en passant par l’abeille et le blé, comment se décline la sélection génomique ?

@INRAE
Depuis plus de 10 ans, chez les bovins laitiers, la sélection ‘classique’ a laissé place à la sélection génomique. Cette évolution a permis des progrès plus rapides et une réduction considérable du coût de la sélection. Elle est depuis mise en œuvre dans un nombre croissant d’espèces animales ou végétales et suscite un intérêt très clair pour de nombreuses autres.

La sélection génomique est une méthode générique qui peut être mise en œuvre pour toutes les espèces animales et végétales. Est-elle pour autant appliquée de manière identique quelle que soit l’espèce considérée ? Quels sont les arguments principaux qui incitent les sélectionneurs à adopter cette technologie ? Comment les caractéristiques biologiques et l’organisation des programmes de sélection des différentes espèces influencent-elles le choix des sélectionneurs ?

Le réseau R2D2 soutenu par le métaprogramme INRAE SELGEN s'est intéressé à différentes questions méthodologiques sur la sélection génomique. La particularité de ce réseau est de regrouper des chercheurs travaillant sur une large gamme d'espèces animales et végétales : abeille, bovins lait et bovins viande, caprins, cheval, ovins, poissons, porc, volaille, abricotier, blé, maïs, peuplier, pin maritime, plantes fourragères, pois, pommier, riz, tomate, vigne … Ainsi, 75 chercheurs d’origine très variée (départements INRAE BAP (Biologie et Amélioration des Plantes, GA (Génétique Animale), EcoDiv (Ecologie et Biodiversité) et EcoSocio (Economie et Sciences Sociales), IFREMER, CIRAD et SYSAAF), généticiens et économistes ont participé aux activités du réseau.

La comparaison entre toutes ces espèces a montré que la sélection génomique peut être mise en œuvre de manière très différente dans les programmes de sélection. Cette analyse transversale a permis de mettre en évidence trois principales logiques de mise en œuvre qui ont été appelées briques et qui peuvent éventuellement être combinées entre elles.

  • Brique A : Ajouter du génotypage pour améliorer la précision de la prédiction des valeurs génétiques
  • Brique B : Remplacer le phénotypage par du génotypage pour raccourcir les cycles de sélection ou pour augmenter l’intensité de sélection
  • Brique C : Mieux choisir les parents pour réaliser de meilleurs croisements ou pour préserver la diversité génétique

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Référence

R2D2 consortium, Fugeray-Scarbel A., Bastien C., Dupont-Nivet M., Lemarié S., 2021. Why and How to Switch to Genomic Selection: Lessons From Plant and Animal Breeding Experience. Frontiers in Genetics 12:629737. https://doi.org/10.3389/fgene.2021.629737