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Dans cette review, nous décrivons un ensemble de priorités de recherche qui s'appuient sur les progrès, les succès et les ressources que FAANG a mis en œuvre, et qui visent à répondre aux défis présents et futurs de la production animale. Les trois projets européens en cours dont INRAE est un des acteurs principaux (GENE-SWitCH, BOVREG et AQUA-FAANG) contribuent considérablement à cette évolution.
Les principaux défis auxquels cette communauté est maintenant confrontée sont d'utiliser plus précisément le génotype pour prédire le phénotype dans des environnements spécifiques et de passer d'un petit nombre d'individus hautement annotés à des approches capables de générer des informations sur l'expression et la régulation des gènes à l’échelle des populations. Les méthodologies récentes permettent de relever ces défis. Il est désormais possible de générer en routine des données de séquence du génome entier et d'expression génique à l'échelle des populations qui peuvent être analysées par des outils d’analyse puissants, de caractériser les fonctions et les profils d'expression de cellules uniques, de profiter des nouveaux systèmes in vitro couplés à l’édition des éléments génétiques et épigénétiques du génome pour intégrer les connaissances à l’échelle des cellules, des tissus et des animaux entiers.
Les nouvelles actions de FAANG conduiront à une annotation plus efficace des variants génétiques, en particulier de ceux ayant des rôles de régulation, qui permettra une meilleure hiérarchisation des variants pour une sélection génomique enrichie par les informations fonctionnelles et au développement des nouveaux systèmes de gestion («genome-enabled management ») via la prédiction de phénotypes. L’étude au niveau des populations contribuera à découvrir, à mieux préserver et à utiliser la biodiversité génomique de races et populations adaptées à des environnements différents. Les nouvelles informations de biologie fondamentale soutiendront la recherche à travers plusieurs domaines (immunologie, nutrition etc.).