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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

Publication des index bovins laitiers estimés par la méthode "Single Step"

@INRAE D. Boichard
Le Single Step est une méthode d’évaluation génomique qui prend en compte simultanément tous les animaux, génotypés ou non, en une seule étape. C’est une évolution majeure pour la sélection génomique. Ce travail considérable a été conduit en trois étapes : un logiciel entièrement nouveau (HSSGBLUP) développé par INRAE ; des travaux de validation et de comparaison réalisés par l’UMT eBIS (projet ASAP) ; et les travaux de déploiement dans le cadre du projet UNIGENO piloté par GenEval et Idele.

L’évaluation génomique consiste à prédire la valeur génétique des candidats reproducteurs à partir de trois types d’information : les performances (ou phénotypes), les généalogies et les typages génétiques. Depuis 2009, elle était réalisée en deux étapes : une analyse de tous animaux, limitée aux performances et généalogies ; puis une analyse génomique limitée aux animaux typés. Cette procédure en deux étapes a montré toute son efficacité pendant 12 ans mais elle souffrait d’un biais de plus en plus marqué, dit « biais de sélection », conduisant à sous-estimer l’évolution génétique réalisée et à sous-estimer la valeur des reproducteurs quand arrivait l’information phénotypique de leurs descendants.

Conscient de cette situation, depuis 2017, l’UMT eBIS a préparé les conditions pour le déploiement d’une évaluation en une seule étape, ou Single Step. Si cette méthode a été proposée il y a une dizaine d’années, elle commence juste à être déployée à l’international dans les populations de très grande taille. Tout d’abord, le logiciel HSSGBLUP (pour Hybrid Single Step Genomic Best Linear Unbiased Prediction) a été développé par INRAE. Il se veut général de façon à couvrir l’ensemble des besoins des deux filières lait et viande, voire au-delà des bovins. Dans le cadre du projet ASAP financé par Apis-Gene, l’UMT a validé ce logiciel dans une large gamme des conditions rencontrées en pratique, estimé les gains de précision et de réduction de biais associés, et analysé l’impact du changement de méthode sur les index. Enfin, dans le cadre du projet UNIGENO financé par le CASDAR, GenEval et Idele ont réalisé le déploiement de cette nouvelle méthode, avec l’appui et l’expertise de l’UMT : extension à toutes les races et tous les caractères, intégration de certaines évolutions de modèle associées, large concertation avec les utilisateurs (Organismes et Entreprises de sélection).
Ce projet de longue haleine se traduit par la diffusion des nouveaux index le 8 mars 2022 pour les races laitières nationales, en avril pour les races internationales Holstein et Brune, tandis que les index des races allaitantes sont programmés pour début 2023.