Avis de Soutenance

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Madame Anaïs Cazals

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés

Etude de l’impact de la génétique de l’hôte et de la composition du microbiote intestinal sur le portage de Salmonella Enteritidis chez la souris et la poule

dirigés par Fanny Calenge et Jean Jaubert

Soutenance prévue le jeudi 9 Décembre à 14h00

Composition du jury

• Binnaz Yalcin, INSERM – NeuroGeMM, Rapporteur et examinatrice
• Hélène Gilbert, INRAE – Genphyse, Rapporteur et examinatrice
• Olga Soutourina, Université Paris-Saclay, Examinatrice
• Daniel Vaiman, INSERM, Examinateur
• Sylvie Combes, INRAE – Genphyse, Examinatrice
• Fanny Calenge, INRAE – GABI, Directrice de thèse
• Jean Jaubert, Institut Pasteur, Co-directeur de thèse

Résumé

Salmonella enterica Enteritidis (SE) est l’une des principales causes d’intoxication alimentaire humaine, par le biais de la consommation de produits aviaires (viande ou œufs) contaminés. Cette bactérie est portée de manière asymptomatique par la poule, mais peut infecter et rendre malade les consommateurs de ces produits. La sélection génétique et la modulation du microbiote intestinal sont deux moyens prometteurs de diminuer son portage chez la poule et donc sa propagation en élevage. Les objectifs de cette thèse sont d’identifier les principaux facteurs génétiques et microbiens contrôlant le portage individuel des salmonelles dans deux modèles expérimentaux. Le modèle “poulet” a été utilisé pour l’étude de l’impact du fonds génétique sur la résistance et le microbiote caecal de jeunes individus après une infection par SE. Des analyses de la composition du microbiote et de l’expression des gènes dans les tonsilles caecales ont été menées et ont permis d’identifier des bactéries intestinales (ex. Christensenellaceae), des gènes différentiellement exprimés (ex. Fut2) et des voies de signalisation potentielles (ex. voie des acides gras à chaîne courte) associés avec la réponse à l’infection. Un impact significatif de la lignée sur la composition du microbiote a également été identifié. Le modèle “souris” a été utilisé pour l’identification de régions génomiques de l’hôte contrôlant le portage chronique de SE. Deux populations génétiques de référence, les lignées du Collaborative Cross (CC) et les souris du Diversity Outbred (DO), ont permis d’identifier de nouveaux QTls (Ses11 à Ses17) et des gènes candidats tels que Lingo2 ou Btnl4 associés à la réponse à l’infection par SE. Chez les CC, nous avons également montré une large diversité des charges bactériennes dans le foie et la rate permettant d’identifier des lignées présentant des phénotypes extrêmes à SE, sensibles (ex. CC009/Unc) ou résistantes (ex. CC024/GeniUnc), et pouvant servir de nouveaux modèles expérimentaux. Ce projet a donc permis d'identifier de nouveaux mécanismes associés à la réponse à une infection par SE, grâce à l’exploitation de deux modèles expérimentaux complémentaires.

Informations pratiques 

La soutenance de thèse aura lieu le jeudi 9 décembre à 14h00 dans l’amphithéâtre du bâtiment 440 sur le site de l’INRAE de Jouy-en-Josas (places limitées). Elle pourra être suivie en présentiel ou en visioconférence. Si vous souhaitez assister à la soutenance en présentiel, contacter Anais Cazals