Jury :

- Zulma VITEZICA ; Professeure, INP Toulouse ; Rapporteur & Examinatrice
- Bertrand BED'HOM; Professeur, MNHN ; Rapporteur & Examinateur
- François ALLAL ; Chercheur, Ifremer ; Examinateur
- Pascale LEROY ; Directrice de recherche, INRAE (Bretagne-Normandie) ; Examinatrice
- Xavier ROGNON; Professeur, AgroParisTech (Université Paris-Saclay) ; Examinateur
- Florence PHOCAS ; Directrice de recherche, INRAE (Université Paris-Saclay) ; Directrice de thèse
Titre : Évolution de la diversité génétique dans des populations domestiquées de truites arc-en-ciel

Résumé : L’amélioration génétique de populations de truites arc-en-ciel a permis d’accroître l’efficacité de la production, mais à contribuer à une forte diminution de la variabilité génétique. Cette perte de diversité génétique peut causer de la dépression de consanguinité mais aussi mettre en péril le progrès génétique à long terme et l’adaptation des populations aux changements environnementaux. Les niveaux de consanguinité observés (via des indicateurs génomiques) au sein de nos populations de truites françaises, nous interrogent sur les causes et les impacts de tels niveaux de consanguinité. Ces interrogations font l’objet des travaux de thèse présentés.
Au-delà des effets de la sélection et de la dérive génétique liée à la faible taille des populations en élevage,la perte de diversité génétique au sein des populations de truite arc-en-ciel s’explique aussi par des déséquilibres de contribution des mères à la génération suivante associés à une surmortalité embryonnaire observée de la fécondation à l’éclosion dans les descendances de certaines mères. L’étude des effets locaux de la consanguinité sur les performances de taille, reproduction et survie de la truite, montre que localisée dans certaines parties du génome, la consanguinité peut avoir des effets notables, sans que l’on observe forcément un effet à l’échelle de tout le génome. Si, ces effets locaux peuvent être négatifs, ils sont toutefois positifs dans certaines zones du génome. Le principal phénomène observé est un impact négatif de la consanguinité récente, expliqué par l’accumulation d’allèles récessifs dont les effets sont défavorables, en lien direct avec l’estimation d’effets de dominance importants sur les caractères de reproduction et de survie. Cependant la consanguinité, en particulier accumulée dans des générations passées, engendre aussi des effets positifs. Ainsi neuf régions d’homozygotie forte ont été identifiées sous sélection positive commune à trois lignées de truites françaises et une population américaine. Les gènes annotés dans ces régions sont liés à la domestication (fonctions de croissance, reproduction, comportement et immunité) ainsi qu’à la fitness naturelle en lien avec la survie des individus (embryogenèse, organisation cellulaire).
C’est pourquoi, comprendre l’impact et le rôle de la diversité génétique locale est essentiel, afin de mieux la gérer dans les programmes de sélection. L’utilisation d’indicateurs génomiques de la consanguinité permettra aux sélectionneurs de mieux maîtriser les compromis entre valeurs génétiques des reproducteurs et effets indésirables de la consanguinité de leur progéniture. Cela permettra aussi d’exploiter les effets d’hétérosis, et ainsi améliorer durablement les performances des cheptels de production.

Mots clés : Aquaculture, domestication, sélection, consanguinité, dominance, variabilité génétique