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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

La soutenance de thèse de Céline Bourdon se déroulera lundi 15 mars à 9h30 en visioconférence

15 mars 2021

Réservés
Recherche d'associations entre microARNs, variants génétiques et QTL laitiers chez les bovins, caprins et ovins.

Céline Bourdon soutiendra sa thèse intitulée "Recherche d'associations entre microARNs, variants génétiques et QTL laitiers chez les bovins, caprins et ovins". Elle aura lieu le lundi 15 mars à 9h30 par visioconférence.

Le jury est composé de :

M. Juan José ARRANZ                  Université de Leon                        Rapporteur

Mme Christine GASPIN                INRAE - UMR MIAT                       Rapporteure

Mme Rozenn DALBIES-TRAN      INRAE - UMR PRC                          Examinatrice

Mme Christine LEROUX               INRAE - UMR Herbivores             Examinatrice

M. Bernard MIGNOTTE                Université Paris Saclay                 Examinateur

Mme Fabienne LE PROVOST       INRAE – UMR GABI                       Directrice de thèse

Mme Gwenola TOSSER-KLOPP   INRAE - UMR GenPhySE               Co-directrice de thèse

Mots-clés : QTL laitiers, microARNs, Variants génétiques

Résumé :

La sélection génomique, qui repose sur la prédiction de la valeur génétique des animaux candidats à la sélection à partir de l'information fournie par de très nombreux marqueurs génétiques en utilisant des marqueurs neutres, est un levier pertinent et pérenne. La recherche des mutations causales et leur intégration dans les évaluations génomiques permettraient un gain de précision important. Il est donc essentiel de mieux caractériser les mutations causales responsables de la variabilité des caractères quantitatifs liés à l’efficacité de production et à la qualité des produits tels que le lait. L’objectif de ce projet a été de rechercher des variants génétiques de microARNs exprimés dans la glande mammaire ou présents dans le lait et situés dans des régions génomiques ayant un effet sur des caractères quantitatifs (QTL) laitiers et mammites, dans trois espèces de ruminants. La détection de 59124 variants de microARNs exprimés dans la glande mammaire ou présents dans le lait en bovin, 13427 variants en caprin et 4761 en ovin a été permise grâce au développement d'un script bio-informatique. En bovin, 4679 variants génétiques d'intérêt sont situés dans des QTL laitiers et mammites et 127 en caprin, aucun en ovin. Trois variants bovins détectés ont été validés grâce à des études de GWAS. Les effets biologiques des variants validés ont été étudiés, avec des stratégies différentes selon la localisation et donc l'effet de la mutation. Dans le cas de la mutation située dans la région "seed" du bta-let-7e, le niveau d'expression d'ARNm cibles a été testé. Des résultats non concordants ont été obtenus entre les techniques de qRT-PCR et de RNAseq utilisées. Dans le cas de mutations situées dans les régions flanquantes de bta-miR-92b et bta-miR-486, la présence de ces microARNs a été mesurée dans le lait. Ces analyses n'ont pas révélé de différence d'expression significative des microARNs selon les génotypes. Ce projet a donc permis d'effectuer une analyse globale de variants de microARNs, de leur détection à leurs effets potentiels.