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INRA
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

L’équipe Plateformes GABI

Animation: Michèle Tixier-Boichard, Co-animation: Claudia Bevilacqua (microgenomics, qPCR), Christine Longin (Microscopie électronique)

Equipe GABI Plateforme @Bridge
© Inra
La plateforme @BRIDGe (Animal Biological Resources for Integrated and Digital Genomics) est dotée de trois composantes (biobanque/génomique/analyse fonctionnelle et morphologique cellulaire ou tissulaire), et le service de Microscopie électronique à transmission d'imagerie multi-sites MIMA2.

Objectifs

Photo-Equipe-Plateforme

L’équipe rassemble l’expertise, le savoir-faire et les équipements des plateformes portées par GABI qui sont ouvertes aux utilisateurs externes :

  • La plateforme @BRIDGe (animal Biological Resources for Integrated and Digital Genomics, http://abridge.inrae.fr)
  • Le service de Microscopie électronique à transmission de la plateforme d’imagerie multi-sites MIMA2.

L’offre de services et d’équipements intègre la conservation des échantillons biologiques et leur analyse au niveau moléculaire, cellulaire ou tissulaire.

Le nombre total d’utilisateurs varie de 120 à 170 par an.

Offre technologique et savoir-faire

Plateformes_2020_web

Services de Biobanque de la plateforme @BRIDGe

  • Banques de BAC : bovins, ovins, caprins, équins, porc, lapin, poule.
  • Traitement, conservation sécurisée, distribution de tout type d’échantillon biologique, à l’exception de matériel infectieux.
  • 21 congélateurs -80°C ou -40°C,
  • 2 robots d’extraction des acides nucléiques : ChemagicStar, extraction sur billes magnétiques (x24 ou x96), QiaCube, extraction sur colonne (x12),
  • 8 instruments de quantification et contrôle qualité des acides nucléiques.

Services de Génomique de la plateforme @BRIDGe

  • Station Agilent pour l’hybridation de microarray;
  • Séquençage sur Illumina MiSeq ; Capture de régions génomiques ciblées ;
  • PCR quantitative : Life Technologies QuantStudio 12K Openarray et TaqMan array cards ; PCR digitale pour une quantification absolue avec un appareil BioRad ddPCR QX200 ;
  • Logiciels d’analyse GeneSpring GX (Agilent) et Ingenuity Pathway Analysis (Ingenuity) pour les données du transcriptome, GeneX (Multid) pour la qPCR.
  • Analyse Fonctionnelle et Morphologique à l’échelle cellulaire ou tissulaire (@BRIDGe)
  • Histologie, fixation des tissus, coupe et coloration ; hybridation in situ sur des sections de tissus cryogénisés; immunohistochimie, lames histologiques virtuelles à fond clair.
  • Un automate de coloration, 2 microtomes, 2 systèmes de déshydratation et inclusion en paraffine, et 1 platine d’enrobage (Leica), 1 scanner à fond clair et à fluorescence pour lames virtuelles (Panoramic SCAN, 3DHistech), imprimantes de cassettes et de lames (Primera), 2 ultramicrotomes (Reichert E – Leica UC6), 1 automate d’immunohistochimie Leica.
  • Microgénomique par Microdissection Laser : production et analyse génomique de micro-et nano-quantités de matériel extrait de cellules isolées de leur environnement tissulaire sous contrôle morphologique. Appareil de microdissection laser (ARCTURUS XT IR /UV), 2 cryostats, 1 SnapFrost.

Analyse ultra-structurale de la cellule et de ses organites (MIMA2)

  • Plateau de microscopie électronique à transmission avec analyse 2D et reconstruction 3D sur 1 microscope électronique HITACHI 7700.

Acitivités et réseaux

Politique qualité

  • La plateforme @BRIDGe est certifiée ISO 9001:2015, et NFS 96 900 pour sa partie biobanque. Son CRB est labellisé IBiSA et Infrastructure Scientifique Collective (ISC) par INRAE.
  • La plateforme MIMA2 est également labellisée ISC par INRAE.