Sélection génomique et gestion des populations bovines

Animateurs : Pascal Croiseau, Chris Hozé

L’équipe a été historiquement responsable des évaluations génétiques bovines nationales, de leur conception, leur évolution jusqu’à leur production dans un cadre certifié ISO9001. Depuis l’application du Règlement Zootechnique Européen en Novembre 2018, cette activité est sous la responsabilité des Organismes de Sélection et l’équipe qui n’est plus en charge de la production s’est recentrée sur la Recherche et le Développement, les résultats étant transférés à d’autres organismes pour leur mise en application. Les principales activités concernent les méthodes d’évaluation génétique, en particulier le développement de méthodes d’évaluation en une seule étape (dite Single Step) et la prise en compte de l'annotation fonctionnelle des variants. La prédiction des interactions génétique x milieu et l’intégration du croisement dans les évaluations sont également dans les priorités. Nous développons également des travaux sur la définition des objectifs de sélection pour une production durable et leur adaptation aux systèmes de production, sur la gestion des populations minimisant la perte de variabilité, et pour une utilisation optimale de l’information intra-troupeau. Les collaborations internationales sont tournées vers les principaux partenaires d’Eurogenomics mais aussi vers le Sud (Inde, Afrique du Sud) dans le cadre d’un Laboratoire International Associé.

Analyse du déterminisme génétique de différents caractères  

Animateurs : Hélène Leclerc, Pauline Martin

Les besoins diversifiés d’une sélection durable et les opportunités du phénotypage haut débit nous conduisent à analyser des caractères non conventionnels comme l’efficience alimentaire, la santé, la résilience et l’adaptation, la qualité des produits, la tolérance à la chaleur, ainsi que les anomalies génétiques dans le cadre de l’Observatoire National des Anomalies Bovines. Les dispositifs de recherche sont construits en unités expérimentales ou en fermes commerciales avec nos partenaires. L’objectif est d’identifier les variants causaux responsables avec une approche de séquençage à haut débit et d’imputation, et d’inférer les réseaux de gènes impliqués.

Structure et Dynamique du Génome

Animateurs : Mekki Boussaha, Marie-Pierre Sanchez

L’équipe est l’un des membres fondateurs du projet « 1000 génomes bovins » et investit dans la connaissance du génome, en particulier la caractérisation et l’annotation de tous types de variants génétiques. Après une forte activité dans le séquençage "short reads" depuis 10 ans, elle investit actuellement dans les lectures longues et le pangénome. Ces données alimentent les deux autres axes de l’équipe. De fortes compétences en imputation permettent de reconstituer la séquence de génome complet sur de grands dispositifs pour des analyses d'association à grande échelle. Des travaux de génomique régulationnelle ont pour objectif d’améliorer l’annotation des variants. Une approche de génétique inverse permet de prédire et tester à grande échelle les variants a priori délétères choisis sur la base de leur annotation. Enfin, l’équipe étudie les relations entre génétique et marques de méthylation.

Les phénotypes à la base de notre activité proviennent de la base nationale zootechnique et de l’unité expérimentale du Pin. Le CTIG est un partenaire étroit, fournissant à la fois l’accès aux données et les ressources informatiques. L’essentiel des données de génotypage sont produites par Labogena, tant pour les projets de recherche que pour la sélection génomique. Les séquences sont produites sur la plateforme GetPlage de Toulouse et les travaux de bioinformatique sont réalisés en collaboration avec Sigenae.

• Des collaborations avec France Génétique Elevage et de nombreux organismes de génétique et sélection animales français, ainsi qu'avec Apisgene

• Intra INRAE, des collaborations avec différents laboratoires des départements de Génétique Animale (en particulier GenPhySe Toulouse et GMA Limoges), Phase, Santé animale.

• Collaboration avec les écoles vétérinaires dans le cadre de l'ONAB et des travaux sur la santé

• Collaboration internationale en sélection génomique (Eurogenomics, Eurogenetics, Intergenomics, Interbull, Interbeef) et avec l'Inde et l'Afrique du Sud

• Membre fondateur et contributeur important du consortium "1000 bull genomes" avec l’Université de Melbourne.

SELGEN, Sélection génomique

• Intégration des données de séquence de génome complet en sélection génomique.
• Gestion de la diversité en sélection.
• Prédiction des Interactions génotype x milieu.
• Approches transversales entre espèces.
• Interactions avec les sciences sociales sur les conséquences organisationnelles de la sélection génomique.

GISA, Gestion intégrée de la santé des animaux

• Etude du déterminisme génétique des mammites et de la paratuberculose.