Thématique globale 

L’équipe conduit des recherches méthodologiques en génétique, bioinformatique et biostatistique, en ancrant celles-ci dans des problématiques concrètes et des études appliquées, réalisées au sein de l’équipe ou via des collaborations.

Résultats marquants

• Organisation du Colloque “Deep Learning et Génomique”
• Regeneration Rosetta : application web « Expression de gènes et accessibilité de la chromatine » (2019)
• Diversité et progrès génétique dans les races laitières à partir des ROH (2019)

1- Biodiversité, ressources génétiques et génétique des populations

Nous couvrons l’ensemble des domaines liés à la diversité génétique et aux ressources génétiques. Nous intervenons dans la caractérisation de la diversité de différentes espèces, la valorisation et la gestion, pour les races menacées et les races à grand effectif en lien avec la sélection génomique, et les ressources cryoconservées. Enfin, nous sommes engagés dans des réseaux de coopération internationale, en lien avec la FAO.

•    Projets associés : GDivSelGen (Métaprogramme SELGEN) ; IMAGE & GenResBridge (Europe H2020).

2- Biostatistique et bioinformatique

Nos activités en biostatistique et bioinformatique sont doublement orientées. D’une part, nous développons des méthodes (statistique Bayésienne, inférence de réseaux, méthodes multivariées), des logiciels et des ‘‘pipe-lines’’ (Variant calling, annotation, détection de SV) pour les analyse de données xomiques et leur interprétation. D’autre part, nous apportons un appui et du conseil en statistique et bio-informatique pour les biologistes, à l’intérieur comme à l’extérieur de l’unité.

•     Projets associés : EnorPREG (ANSES) ; BioMARQ’LAIT (CASDAR) ; RECEPT (ApisGene)

3 – Expérimentation animale et lignées expérimentales

L’expérimentation sur les volailles (poule, caille) est réalisée dans le cadre d’expériences de sélection de long terme sur l’efficacité alimentaire, la production d’œufs et la capacité d’adaptation. L’équipe maintient un nombre conséquent de populations de poules pour leur intérêt biologique et génétique. L’ensemble de ces populations est utilisé comme modèle dans des études de génomique fonctionnelle ou de génomique des populations.

•    Projets associés : ChickStress (ANR)

• Bases de données nationales et données collectées sur le terrain.
• Unité expérimentale volailles (PEAT, Nouzilly).
• Réseau de Centres de ressources biologiques (CRB- CRB-Anim, projet Infrastructure).

• Europe : projet Image sur les infrastructures de cryopréservation ; projet GenResBridge sur les ressources génétiques des animaux, plantes et forêts
• Europe, Taiwan : Etudes de génétique et génomique des populations sur la volaille (poulet, cailles) ;
• Afrique, Inde : Etudes de génétique des populations sur des populations locales de bovins, poules, pintades ;
• USA : Biostatistique, Intégration et visualisation de données.

• Rattachement à l’école doctorale : ABIES (Agriculture Biologie, Environnement, Santé)      
• Rattachement à l’Université Paris-Saclay