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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

Les Faits Marquants en 2020

Faits Marquants
A partir d'un choix de résultats significatifs ayant fait l'objet de publications dans des revues scientifiques internationales, les faits marquants illustrent les principales recherches de l'année.

Sélection génétique précoce des chevaux de saut d’obstacle par un test d’accélérométrie

@E. Barrey

La sélection des chevaux de concours hippique repose sur deux catégories de critère : des jugements d’expert lors des concours d’élevage à 3 ans, les performances en compétition à partir de 4 ans jusqu’à l’âge adulte. L’étude réalisée a permis de proposer un critère précoce de sélection, objectif et efficace, mesurable lors des concours d’élevage : le temps d’envol du saut en liberté.

Ce temps d’envol est mesuré grâce à des capteurs miniaturisés d’accélération (Equimetrix ®). L’héritabilité est correcte (0.16) et la corrélation génétique entre ce critère et les performances en compétition élevée (0.59). Les associations d’éleveurs disposent donc aujourd’hui d’un outil utilisable pour la sélection, mesurable lors des concours d’élevage, qui complète sans s’y opposer les notes de style. Le Stub Book Selle français a d’ores et déjà entamé un partenariat avec un sellier pour développer l’outil en pratique et l’intégrer dans ses schémas de sélection (Métaprogramme SELGEN).

  • Contact: Equipe BIGE, Eric Barrey

Symposium: Non-coding RNAs in mitochondrial and nuclear crosstalk

@E. Barrey

Les ARN non-codants qui sont soit transcrits à partir du génome mitochondrial, soit importés dans les mitochondries, représentent aujourd’hui une thématique de recherche émergente du fait de leurs rôles dans la santé humaine et animale.

L’objectif de ce symposium était de partager les dernières connaissances sur la diversité des ARN non-codants mitochondriaux, les mécanismes moléculaires, leur impact sur le fonctionnement mitochondrial et la communication entre le noyau et les mitochondries. Ces nouvelles connaissances ouvrent des horizons pour développer des stratégies diagnostiques et thérapeutiques des pathologies cardiovasculaires, musculaires, mitochondriales et les cancers.

  • Contact: Equipe BIGE, Eric Barrey

 
Nouvelle méthode de séquençage du génome mitochondrial pour identifier des mutations

@E. Barrey Schéma d'amplification sélectif du génome mitochondrial

Les mitochondries ont de nombreuses fonctions cellulaires dont la production d’énergie chimique sous la forme d’ATP par phosphorylation oxydative. L’étude de la variabilité génétique du génome mitochondrial présente un intérêt pour la détection des maladies mitochondriales (mutations qui impactent leur fonctions) mais également pour la sélection génétique des performances sportives, notamment chez le cheval.

Le génome mitochondrial des mammifères, de petite taille, code 37 gènes, sans compter les ARN non-codants qui sont progressivement étudiés. Nous avons établi une méthode performante de séquençage du génome mitochondrial complet chez le cheval à même de détecter des polymorphismes entre individus, donnant ainsi des informations sur la diversité génétique des génomes mitochondriaux, en complément de celle obtenue sur les génomes nucléaires. Le protocole a été mis au point sur le génome mitochondrial du cheval mais peut être aisément adapté à d’autres espèces. Cette méthode de séquençage nouvelle génération, qui associe à la longueur des séquences un faible taux d’erreurs, permet d’envisager des analyses sur le terrain du fait de la miniaturisation du procédé.

  • Contact: Equipe BIGE, Eric Barrey et Sophie Pollet

Identification de biomarqueurs ruminaux associés à l’émission de méthane chez les vaches Holstein

@Phototheque INRAE

Une moindre production de méthane est à rechercher pour réduire l'impact environnemental de la production de ruminants. Dans le cadre du projet Microficient, le microbiote du rumen de vaches Holstein a été caractérisé par séquençage d’ADN. La production de méthane et l’ingestion de matière sèche ont été mesurées individuellement pendant 4 à 6 semaines, permettant de déduire la production de méthane par kg ingéré. Trois groupes de microorganismes ont été identifiés, dont l’un associé à une production de méthane plus élevée. Sa composition taxonomique présentait une abondance plus faible de Succinivibrionaceae et de Methanosphaera, et une abondance plus élevée de Ruminococcaceae, Christensenellaceae, Lachnospiraceae, Fibrobacter et Bacteroidales. L'analyse métagénomique fonctionnelle a révélé que ce groupe contenait une surreprésentation de gènes associés à la méthanogénèse, dont l'enzyme méthyl-coenzyme M réductase. Un ensemble de 86 OTU (Unité taxonomique opérationnel) bactériennes discriminantes, comprenant notamment des familles liées à l'émission de méthane telles que Succinivibrionaceae, Ruminococcaceae, Christensenellaceae, Lachnospiraceae et Rikenellaceae, expliquent 24 % de la variance phénotypique de l’émission de méthane, à comparer à la contribution du génome de l'hôte d'environ 14 %. Ces biomarqueurs microbiens du rumen sont des cibles intéressantes à étudier comme critères de sélection éventuels.

  • Contact: Equipe G2B, Didier Boichard

Utilisation des données de génotypage en ferme pour une gestion optimisée et durable de l’élevage laitier

INRAE et MO³, structure qui mutualise la Recherche-Développement de race bovine Montbéliarde, ont étudié l’intérêt au niveau des élevages du génotypage systématique des jeunes femelles. L’information génomique permet une meilleure prédiction précoce des valeurs génétiques des vaches mais elle rend également possible la mesure de l’apparentement réel entre taureaux et vaches, et une gestion appropriée d’anomalies génétiques ou de gènes majeurs. Trois méthodes différentes de choix des accouplements (aléatoires, séquentiels ou par optimisation linéaire) utilisant les informations génomiques des mâles et des femelles ont été comparées sur 160 troupeaux réels de la race Montbéliarde. Il apparait clairement que la planification des accouplements intra-élevage par optimisation linéaire permet un meilleur résultat économique tout en réduisant la consanguinité des descendants et la probabilité de concevoir un embryon atteint d’une anomalie génétique. Cette approche a été mise en place sur le terrain en race Montbéliarde.

  • Contact: Equipe G2B, Vincent Ducrocq

Analyse des réseaux de gènes impliqués dans la régulation de l’efficience alimentaire chez les bovins allaitants

@Photothèque INRAE

L'efficience alimentaire est un déterminant majeur de la compétitivité de l’élevage. Toutefois, c’est un caractère complexe à analyser, par la difficulté à mesurer l’ingestion des animaux à grande échelle. De plus, c’est un caractère qui peut être évalué selon différents critères non équivalents. L’étude présentée, combinant données phénotypiques et données de séquence du génome, vise à identifier les gènes et voies métaboliques impliquées dans l’efficience alimentaire. Elle repose sur une population de 789 taurillons charolais, phénotypés entre autres pour la quantité ingérée et pour lesquels trois critères d’efficience ont pu être calculés. Ces animaux ont été génotypés avec une puce SNP puis leur séquence génomique complète a été reconstituée (imputée) statistiquement. L’analyse des données comprend une étude d'association (GWAS) à l'échelle de la séquence du génome combinée à une analyse des réseaux de gènes mis en évidence. Ces réseaux comprennent de 426 à 626 gènes, les processus biologiques les plus enrichis en gènes concernant les sécrétions salivaire, gastrique et de mucine, différents processus énergétiques et cardio-vasculaires. Plusieurs hormones ont également été identifiées et constituent des biomarqueurs candidats de l'efficience alimentaire.

  • Contact: Equipe G2B, Sébastien Taussat (Allice), Gilles Renand, Pauline Martin

Etude des séquences mitochondriales intégrées dans le génome nucléaire bovin

Des copies nucléaires de l’ADN mitochondrial (NUMT) ont déjà été décrites chez plusieurs espèces animales. Nous avons pour la première fois identifié et analysé en détails les NUMT présents dans le génome bovin. Nous avons mis en évidence 166 régions NUMT bovines représentant environ 0,02% du génome nucléaire.
Des copies de toutes les régions mitochondriales ont été détectées, avec des degrés distincts de similitude de séquence avec le mitogénome. Certaines régions NUMT comprennent de grands segments de mitogénome et présentent une grande similitude avec la séquence du génome de l’organelle. Des régions de NUMT sont fréquemment modifiées par l’insertion de séquences répétitives et par des réarrangements de séquences. Nous avons pu tester et confirmer expérimentalement l’existence de 29 régions NUMT par amplification PCR en utilisant l’ADN de la vache (Dominette) utilisée pour générer la séquence de référence du génome bovin, excluant ainsi la possibilité que ces NUMT puissent être des artefacts dus à des erreurs de l’assemblage du génome. Comme il existe des régions NUMT avec une grande similitude avec le mitogénome, une attention particulière est nécessaire lors de la conception d’amorces pour l’amplification de l’ADN mitochondrial. Ces résultats peuvent donc servir à éviter la co-amplification de séquences bovines nucléaires similaires à l’ADN mitochondrial.

  • Contact: Equipe G2B, Dominique Rocha

Identification de gènes candidats impliqués dans la résistance à la paratuberculose chez les bovins

La paratuberculose est une maladie contagieuse et incurable des ruminants causée par Mycobacterium avium paratuberculosis. La génétique peut contribuer à la maitrise de la maladie. Dans le cadre du projet de recherche pluridisciplinaire PICSAR-PARADIGM financé par INRAE (métaprogramme GISA), APIS-GENE et GDS-France, le phénotype sain ou malade (clinique ou subclinique) de 2293 vaches (1644 Holstein et 649 Normandes) a été caractérisé de façon fine avec au moins 4 diagnostics concordants, dans un dispositif de type cas-témoin. Après imputation de la séquence du génome complet de chaque vache, une analyse d’association a mis en évidence 3 QTL sur les chromosomes 12, 13 et 23, ciblant plus particulièrement les gènes ABCC4, CBFA2T2 et IER3 qui sont aussi de bons candidats fonctionnels.

  • Contact: Equipe G2B, Marie-Pierre Sanchez, Didier Boichard, Christine Fourichon (Oniris)

Effets confirmés de variants candidats pour la production de lait et la santé et la morphologie de la mamelle chez les bovins laitiers

Grâce aux données du consortium international « 1000 génomes bovins », il est possible d’imputer, i.e. reconstituer statistiquement, l’ensemble des polymorphismes de l’ADN des bovins pour lesquels nous disposons de données de génotypage sur puce. Combinées aux performances récoltées en ferme, ces données permettent d’identifier les régions du génome (QTL) et les polymorphismes impliqués dans le déterminisme génétique des caractères via une analyse d’association. En appliquant cette approche aux données de 11,039 taureaux (au travers de la moyenne des performances corrigées de leurs filles) des 3 races Holstein, Montbéliarde et Normande pour 5 caractères de production laitière, 2 caractères de santé de la mamelle et 8 caractères de morphologie de la mamelle, nous avons identifié 48, 24 et 12 QTL dans les 3 races, respectivement. Dans ces régions QTL, des polymorphismes «candidats» ont été sélectionnés, ajoutés sur la puce de génotypage utilisée en routine pour la sélection génomique, puis testés sur 85303 vaches des 3 races pour valider leurs effets. Nous avons ainsi validé 54 régions QTL, et identifié dans ces régions des gènes fonctionnellement liés aux caractères laitiers étudiés. Les polymorphismes dont les effets ont été validés sont disponibles en routine pour l’évaluation génomique des bovins laitiers en France. Ils devraient permettre de prédire plus précisément les caractères laitiers sur les jeunes bovins candidats reproducteurs

  • Contact: Equipe G2B, Thierry Tribout, Marie-Pierre Sanchez

La composition en microARNs du lait bovin dépend du fond génétique : mise en évidence de spécificités propres aux races Holstein et Normande

@S. Le Guillou. Comparaison des miRNomes du lait de Normande et de Holstein.

La prise en compte du lait comme aliment important pour la santé a ouvert la voie à différentes études sur ses composants, des nutriments jusqu’aux microARNs, petites molécules aux propriétés régulatrices présentes en grande quantité dans le lait. L’analyse de la variation de leur composition selon le fond génétique a permis de montrer, à l’aide de séquençage haut débit, que les laits de Holstein et de Normande sont respectivement composés de 2038 et 2030 microARNs, dont 1771 en commun.La comparaison de ces deux races, aux caractéristiques de production laitière distinctes, a permis de mettre en évidence 182 microARNs présentant des différences significatives d'abondance. Ils sont impliqués dans la régulation du métabolisme des lipides et dans la morphogenèse et le développement mammaire, pouvant affecter la lactation. Ces travaux apportent de nouvelles connaissances sur la régulation des mécanismes moléculaires impliqués dans la production du lait.

  • Contact: Equipe GaLac, Sandrine Le Guillou

 
Des poulets de chair génétiquement sélectionnés pour la digestibilité diffèrent également pour leur microbiote caecal

Réduire la concurrence de la nutrition animale sur les aliments destinés à la consommation humaine passe par l'utilisation d'aliments alternatifs qui sont cependant plus difficiles à digérer. Un des enjeux actuels en nutrition animale est donc d'améliorer l'efficacité digestive des animaux nourris avec ce type d’aliment. Les lignées de poulet de chair D+ et D- (haute vs faible efficacité digestive), sélectionnées génétiquement de façon divergente pour leur efficacité digestive constituent un outil biologique intéressant pour étudier les mécanismes biologiques impliqués dans les performances digestives. Des travaux antérieurs ayant démontré que la sélection de ces lignées avait eu un impact sur le microbiote intestinal, nous avons caractérisé le microbiote iléal, jéjunal, et caecal d’animaux de niveaux de digestibilité contrastés issus des lignées D+ et D- via un séquençage du gène ARNr 16S. Notre objectif était de comparer la composition taxonomique du microbiote des animaux de niveaux contrastés de digestibilité, ainsi que leurs fonctionnalités associées d’après une prédiction de leur métagénome. Nos résultats indiquent que le segment intestinal d'origine est le principal facteur structurant le microbiote. Le microbiote caecal est le plus touché par les différences d'efficacité digestive, avec 41 espèces bactériennes dont les abondances diffèrent entre les animaux très et peu efficaces. De plus, nous avons prédit que le microbiote caecal des animaux efficaces pourrait être enrichi en gènes contribuant à la dégradation des acides gras à chaîne courte (AGCC) à partir de polysaccharides non amylacés. Ces résultats confirment que l'impact de la sélection génétique sur la digestibilité s’étend au microbiote, et ouvrent la voie à l'identification de gènes de l'hôte contrôlant la composition taxonomique du microbiote digestif du poulet

  • Contact: Equipe GeMS, Fanny Calenge et Marion Borey

Numéro spécial " Livestock Metagenomics "

Livestock Metogenomics

A la suite d’un éditorial sur le potentiel de la métagénomique pour des études en génétique animale par Jordi Estellé en 2019 (Estellé, 2019), le Journal Animal Breeding and Genetics lui a proposé d’intervenir comme éditeur invité avec Miguel Pérez-Enciso (CRAG, Espagne) d’un numéro spécial dédié à la métagénomique des animaux d’élevage (Estellé & Pérez-Enciso, 2020). Dans ce numéro spécial, neuf papiers de recherche sur le sujet ont été sélectionnés dont trois ayant des co-auteurs INRAE en espèces bovine, porcine et équine. Dans le rumen bovin, Ramayo-Caldas et al. (2020) ont utilisé l’analyse multivariée pour identifier une série de taxons associés à l’émission de méthane, et ils ont suggéré un contrôle partiel génétique par, à la fois le microbiome et l'hôte de ce phénotype. Chez le porc, Massacci et al. (2020) ont analysé le rôle de la génétique de l'hôte sur la diarrhée des porcins naturellement infectés par E. coli. Chez le cheval, Massacci et al. (2020), ont mené une étude longitudinale pour identifier les différences du microbiote de six races équines.

  • Contact: Equipe GeMS, Jordi Estellé

Il existe des liens entre le microbiote intestinal et la variabilité de la réponse vaccinale chez le porc

@C. Rogel-Gaillard, Corrélations entre les profils microbiens et la réponse anticorps à différents temps après vaccination contre Mycoplasma hyopneumoniae

Améliorer l’efficacité des vaccins est une priorité en élevage, associée à la réduction de l’usage des antibiotiques. Il existe une variabilité individuelle de la réponse vaccinale qui peut entrainer une hétérogénéité dans les niveaux de protection des animaux vaccinés au sein d’une même population. Dans ce contexte, il est important, d’une part d’améliorer les vaccins et la connaissance des mécanismes qui régulent les interactions hôte-pathogène, et d’autre part d’identifier les déterminants des variabilités individuelles observées. Notre étude met en évidence qu’il existe chez le porc des liens entre la composition du microbiote intestinal et la réponse immunitaire à un vaccin dirigé contre Mycoplasma hyopneumoniae, une bactérie responsable de pathologies pulmonaires. Nous montrons que les profils microbiens établis à partir de fèces récoltés avant vaccination à 28 jours d’âge diffèrent entre forts et faibles répondeurs à la vaccination et contiennent des informations prédictives de ces niveaux de réponse. Une surabondance de bactéries des genres Prevotella, Anaerovibrio et Sutterella semble favorable à une meilleure réponse immunitaire au vaccin. Ces résultats ouvrent la voie vers l’utilisation du microbiote comme éventuel levier d’action pour optimiser les stratégies vaccinales chez le porc.

  • Contact: Equipe GeMS, Claire Rogel-Gaillard

 
Variabilité de la méthylation de l’ADN chez la truite arc-en-ciel : rôles combinés de la température précoce et du fond génétique

Nombre de loci différentiellement méthylés entre les deux régimes thermiques précoces (11°C vs. 16°C) chez six lignées isogéniques de truite arc-en-ciel (Lallias et al. 2020)

Pour une aquaculture économiquement viable mais aussi respectueuse de l’environnement et des contraintes sociétales, l’amélioration de la robustesse des poissons, c’est-à-dire de la capacité à maintenir un bon niveau de production dans des environnements variables est un enjeu majeur.
Les mécanismes épigénétiques sont des mécanismes moléculaires qui peuvent moduler l’activité des gènes, sans modifier l’information contenue dans les gènes eux-mêmes. Il est établi que ces marques épigénétiques, notamment la méthylation de l’ADN, jouent un rôle dans la modulation des réponses à une modification environnementale, donc dans la mise en place de la robustesse. Pour mieux comprendre les mécanismes sous-jacents à la robustesse des poissons, un des enjeux est maintenant de comprendre comment différents génotypes modifient différemment leurs marques épigénétiques en réponse à un changement environnemental et s’adaptent ainsi plus ou moins bien à ce changement. Une étude, financée par le projet européen AQUAEXCEL2020, montre que la température (11°C vs. 16°C) subie pendant les phases précoces du développement entraîne des modifications des marques épigénétiques. A l’aide d’un matériel animal original, les lignées isogéniques, il a été montré que la température précoce modifie les patrons de méthylation de l’ADN et que ces changements semblent dépendre du génotype. Cette étude ouvre des perspectives pour l’étude du déterminisme génétique des marques épigénétiques.

  • Contact: Equipe GenAqua, Delphine Lallias

 
Mâle ou femelle ? un contrôle génétique pas si simple chez la truite arc-en-ciel

@M. Dupont-Nivet Truites arc-en-ciel

Chez la truite arc-en-ciel, le sexe est gouverné par un système chromosomique simple (une paire de chromosomes sexuels XX/XY) et le déterminant majeur est connu (gène sdY). Cette caractéristique est exploitée pour produire des populations d’élevage entièrement femelles (XX), plus intéressantes que les populations bisexuées, notamment pour la production de truites à filets. Cependant des individus masculinisés (mâles ou intersexués) sont régulièrement observés dans ces cheptels monosexes. L’origine de ces intrigantes masculinisations spontanées a été explorée par une équipe de scientifiques INRAE, en collaboration avec des partenaires de la filière trutticole. Ils ont montré que la masculinisation est plus fréquente dans la descendance de certains individus et fortement héritable. Une analyse génomique approfondie a révélé que plusieurs gènes, différents de sdY, sont impliqués dans le développement du sexe mâle chez les individus XX, et des marqueurs génétiques associés à la masculinisation ont été identifiés dans la population étudiée. Cette étude révèle donc l’existence de facteurs génétiques de contrôle du sexe qui coexistent avec le système XX/XY. Ces résultats sont une première étape vers la compréhension des mécanismes qui gouvernent la masculinisation des individus XX. Ils ouvrent aussi des perspectives d’application en élevage, avec l’utilisation de marqueurs génétiques pour repérer les individus porteurs de mutations propices à la masculinisation.

  • Contact: Equipe GenAqua, Florence Phocas

 
Parution de l’ouvrage « Génétique des animaux d’élevage – Diversité et adaptation dans un monde changeant »

Ouvrage Quae « Génétique des animaux d’élevage – Diversité et adaptation dans un monde changeant »

Alors que le monde vit un changement global et une crise climatique, que de nombreux questionnements sociétaux apparaissent sur le rôle et la place de l’élevage, cet ouvrage dresse un panorama de l’histoire, des méthodes et de la dynamique de changement qui s’est opérée au cours de la dernière décennie pour dessiner les futurs de la sélection animale. La domestication des animaux et leur sélection sont fondées sur une longue histoire partagée entre les hommes, les animaux et les territoires.

Cette histoire est nourrie par l’accumulation continue de nouvelles connaissances et approches méthodologiques qui permettent de caractériser la diversité génétique et de progresser dans le choix des reproducteurs adaptés à des systèmes de production de plus en plus diversifiés en lien avec la transition agro-écologique et la sécurité alimentaire mondiale.

L’amélioration génétique contribue à façonner le vivant, ce qui pose des questions éthiques dont l’acuité est renforcée et renouvelée par les nouvelles opportunités offertes par les biotechnologies et les outils de la génomique.

  • Contact: GenPhySE et GABI, Etienne Verrier, Denis Milan, Claire Rogel-Gaillard

 
Calcul de scores de déviation de voies de régulation dans le cadre d’une intégration multi-omique

Les données omiques permettent d’établir des profils génétiques et moléculaires globaux des êtres vivants. L’intégration des données multi-omiques recueillies sur les mêmes individus doit fournir une synthèse de processus biologiques complexes. A cet effet, les méthodes factorielles multivariées sont un outil de choix pour démêler les relations qui existent entre les différents types d’omiques. Nous proposons dans ce cadre la méthode padma,  une nouvelle approche de détection, quantification et caractérisation de singularités / aberrations spécifiques à des voies de régulation. Cet outil est à la fois un générateur d’hypothèses et une méthode descriptive et exploratoire d’analyse des données.

  • Contact: Equipe GiBBS, Andréa Rau, Florence Jaffrezic, Denis Laloë

Revue INRAE Genetics Selection Evolution

Créée en 1969 sous le titre des Annales de Génétique et de Sélection Animale, renommée Génétique Sélection Evolution en 1983 et Genetics Selection Evolution en 1989, cette revue d’Inrae est la première à être diffusée en accès libre dès 2009 par BioMed Central. Ce changement de modèle s’est accompagné d’un développement sans précédent avec une internationalisation de son comité de lecture, de son lectorat et des soumissions, une augmentation du nombre d’articles soumis et publiés et du facteur d’impact qui en 2020 (facteur d’impact calculé sur 2019) a atteint un niveau record de 3.94. Depuis 2012, elle se classe parmi les trois meilleures revues de sa catégorie ‘Agriculture, Dairy and Animal Science’ et dans le premier quart de la catégorie très large « Genetics & Heredity » dans le Journal of Citation Reports. Même si le facteur d’impact n’est pas un critère absolu, Genetics Selection Evolution est aujourd’hui reconnue au niveau international comme la revue de référence pour la publication des résultats des recherches en génétique et sélection des espèces animales d’élevage et contribue au rayonnement scientifique dans ces domaines.

  • Contact: GSE, Hélène Hayes et Didier Boichard

 
Un certain éclairage sur « Shadoo »

@ B. Passet

Si la protéine Prion (PrP) suscite bien des recherches de par son implication dans les encéphalopathies spongiformes transmissibles, la protéine apparentée Shadoo est longtemps restée dans l’ombre de sa grande sœur. Avec des collègues d’unités INSERM, du CEA et de SAPS, nous avons développé par édition du génome des souris invalidées au locus codant pour Shadoo et analysé leurs phénotypes. L’absence de cette protéine, exprimée dès les premiers stades du développement embryonnaire et présente dans de nombreux organes chez l’adulte, n’empêche pas d’avoir des souris viables et fertiles. Cependant, cette invalidation induit une diminution de la taille des portées associée à une létalité embryonnaire précoce, post-implantatoire. Elle provoque aussi un défaut de croissance intra-utérine et altère le développement/différentiation de la glande mammaire et la composition, au moins lipidique du lait, induisant une croissance ralentie des souriceaux. Ainsi, cette étude conduit à mettre en lumière plusieurs rôles méconnus de la protéine Shadoo à différentes étapes du développement.

  • Contact: Equipe MoDiT, Bruno Passet

 
Méthode LC-MS de phénotypage qualitatif et quantitatif de la diversité moléculaire des lactoprotéines à l’état natif

L’article décrit une méthode de référence basée sur la chromatographie liquide et la spectrométrie de masse (LC-MS) qui fournit une détermination précise des six principales protéines laitières bovines, y compris les variants alléliques et d'épissage, ainsi que des isoformes résultant de modifications post-traductionnelles, avec un niveau de résolution sans précédent. Les protéines sont identifiées à partir des masses moléculaires observées par rapport aux masses théoriques des protéines intactes indexées dans une base de données "interne" qui comprend près de 3000 entrées. La quantification est effectuée à partir de l‘UV (214 nm) ou du signal de masse. Ainsi, jusqu'à une centaine de molécules, dérivées des six principales protéines du lait, peuvent être identifiées et quantifiées à partir d'un échantillon de lait individuel. La méthode est transférable à plusieurs espèces de mammifères, petits ruminants, camélidés, équidés, lapins…, ainsi qu’à l’espèce humaine. Elle ouvre de nouvelles perspectives pour la valorisation nutritionnelle du lait et l’optimisation des technologies associées.

  • Contact: Equipe @BRIDGe, Guy Miranda, Leonardo Bianchi, Agnès Delacroix-Buchet

 
Optimisation du coût de fonctionnement des cryobanques animales

Cryoconservation des ressources génétiques animales Montage réalisé par M. Tixier-Boichard à partir d’images de la photothèque INRAE

INRAE (UMR GABI) a coordonné le projet européen IMAGE (imageh2020.eu) pour une gestion innovante des banques de gènes. Une des innovations de ce projet a été de rassembler une équipe d’économistes de l’université d’Edinburgh avec des responsables de cryobanques, notamment en France, en Espagne et aux Pays-Bas. L’optimisation de la gestion des collections de semence congelée pour les espèces d’élevage a été étudiée par une méthode de modélisation mathématique qui maximise le rapport coût-efficacité en termes de nombre de races préservées. IDELE, autre partenaire du projet, a fourni des données sur les coûts de fonctionnement de la cryobanque nationale, de même que 10 autres banques de gènes en Europe, afin d’établir une stratégie de rationalisation à l’échelle européenne. Dans un second temps, la méthode a été appliquée à la rationalisation des collections à l’échelle d’un pays, en considérant le cas de l’Espagne qui dispose d’un grand nombre de cryobanques animales. Cette méthode permet donc d’évaluer la pertinence économique de l’organisation d’une infrastructure distribuée pour peu que tous les coûts de fonctionnement soient bien identifiés, elle pourrait être testée dans le cas de l’infrastructure RARe. Dans tous les cas, cet outil de modélisation sera utile à maîtriser au sein d’INRAE.

  • Contact: Michèle Tixier-Boichard

Un ouvrage de référence en génétique et génomique des volailles

Burleigh dodds

Cet ouvrage fait le point sur les connaissances les plus récentes dans quatre domaines principaux : la diversité génétique des volailles, le déterminisme de caractères majeurs pour les productions avicoles, les évolutions récentes en matière de génomique et de sélection et enfin les concepts ou technologies émergents, susceptibles de révolutionner la sélection, tels que la nutrigénomique, l’épigénétique ou l’édition des génomes. Deux ouvrages faisant la synthèse des connaissances en génétique des volailles avaient été publiés en 1990 et 2003. Il était donc temps de rassembler les progrès apportés par la génomique dans un document de référence pour l'industrie avicole, les éleveurs amateurs, les scientifiques et les étudiants en aviculture, ainsi que pour les décideurs. Le département de Génétique Animale d’INRAE y est particulièrement bien représenté, dans le comité des éditeurs en chef et dans huit des 21 chapitres, avec neuf auteurs issus des quatre unités du département conduisant des recherches sur la génétique des espèces avicoles, qui sont regroupées dans le réseau de génétique avicole, RESAVI qui sont regroupées dans le réseau de génétique avicole, RESAVI, associant également des chercheurs du département Physiologie Animale et Systèmes d’Elevages. L’impact de la génomique y est particulièrement visible au niveau de l’utilisation des marqueurs moléculaires en sélection, de l’analyse de l’architecture génétique des caractères et de l’identification de mutations causales.

  • Contact: Michèle Tixier-Boichard
@Gaillard-Martinie Brigitte

Production d’un catalogue des gènes du microbiote du rumen bovin : une surprenante diversité malgré la forte spécialisation dans la dégradation des végétaux

Un catalogue des gènes procaryotes présents dans le rumen bovin a été établi. Il a aidé à déchiffrer les potentiels fonctionnels du...
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@ CC. Productions Animales M. Tixier-Boichard, F. Hérault, P. Bardou, C. Klopp

Le projet « Mille Génomes Gallus » : partager les données de séquences pour mieux les utiliser.

Le séquençage du génome entier change la donne dans tous les domaines de la génétique : sélection, biodiversité, déchiffrage de la relation...
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Red Junglefowl, Hume and Marshall, Game Birds of India, Burmah and Ceylon (1879–1881) Public

Une approche phylogénomique permet de reconstruire l’histoire évolutive du genre Gallus (et d’identifier des hybrides)

L’histoire évolutive du genre Gallus, qui contient la poule, a fait l’objet de nombreuses études qui ont abouti à des arbres phylogénétiques...
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De l’initiative FAANG ... jusqu'à la fourchette

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Dans une publication parue dans la revue Genome Biology, des chercheurs de plusieurs équipes internationales, rassemblés autour de Elisabetta...
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Chèvre provençale. M. Capitan

Des chèvres et moutons à quatre cornes ? Mystère résolu !

Dans les prés, on peut parfois voir des moutons et des chèvres avec quatre cornes au lieu de deux. Certaines races, comme le mouton Loagthan de...
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