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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

Développement de la base de données WIDDE dédiée à l’exploration de la structure de la diversité génétique : première application à l’espèce bovine.

Widde
© Inra
La base de données générique WIDDE accessible via internet (Web-Interfaced next generation Database for genetic Diversity Exploration) est dédiée au stockage et à la gestion de jeux de données de génotypage denses et à l’exploration de la structure de la diversité génétique intra-spécifique. Les fonctionnalités de WIDDE sont illustrées sur un vaste jeu de données SNPs désormais disponible dans l’espèce bovine.

Contexte et enjeux

Les nouvelles technologies de séquençage à haut débit et de génotypage à haute densité ont révolutionné le génotypage de routine et facilité la caractérisation de la diversité génétique de nombreuses espèces. Une quantité croissante d’information génomique est ainsi générée pour  de nombreuses races locales, en particulier pour les espèces d’élevage. Néanmoins, le stockage, la gestion et l’exploration de ces gros jeux de données s’avèrent encore complexes.

Résultats

Nous avons développé la base de données WIDDE principalement dédiée à l’exploration de la structure de la diversité génétique intra-spécifique. Cette base est couplée à des outils conviviaux qui permettent de sélectionner des données, de les filtrer, de les exporter sous divers formats classiques en génétique, d’effectuer une analyse en composantes principales (ACP) et d’assigner de nouveaux individus aux populations stockées dans la base via le calcul de distances génétiques, une ACP et une classification supervisée.
Nous illustrons les fonctionnalités de cette base par sa première version dédiée à l’espèce bovine, contenant plus de 750,000 SNPs, 129 populations bovines différentes dont 89 populations publiques représentatives de la diversité génétique bovine mondiale et 7 autres espèces de bovidés.

Perspectives

Cette première version de WIDDE représente la première base de données dédiée au stockage de SNPs et à l’exploration de la biodiversité bovine.  WIDDE est cependant un outil générique applicable à un grand nombre d’espèces et de types de marqueurs. Les prochaines versions devraient inclure d’autres espèces prochainement et proposer de nouveaux formats d’export de données ainsi que de nouveaux outils d’analyse.

Référence bibliographique

Sempéré G, Moazami-Goudarzi K, Eggen A, Laloë D, Gautier M, Flori L. WIDDE: a Web-Interfaced next generation database for genetic diversity exploration, with a first application in cattle. BMC Genomics. 2015 Nov 14;16(1):940.