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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

Mise en œuvre de la sélection génomique dans les races bovines allaitantes et les races laitières régionales

Sélection génomique dans les races bovines allaitantes et les races laitières régionales
Utilisée depuis 2009 dans les trois principales races laitières puis en race Brune depuis 2014, la sélection génomique est mise en œuvre à partir de 2015 dans les races laitières régionales et les trois principales races allaitantes. Aujourd’hui, 12 races bovines bénéficient de cette méthodologie, par ailleurs en constante évolution. Les bénéfices attendus sont un accroissement du progrès génétique, en particulier pour les caractères difficiles à sélectionner.

Contexte et enjeux

Utilisée depuis 2009 pour les trois principales races bovines laitières, la sélection génomique permet de prédire la valeur génétique d’un animal dès la naissance à partir d’un test réalisé à l’aide d’une puce à ADN contenant plusieurs dizaines de milliers de marqueurs génétiques. Véritable révolution dans le monde de la sélection bovine, la sélection génomique permet une augmentation du progrès génétique par l’utilisation de taureaux très jeunes mais précisément évalués, l’arrêt du contrôle sur descendance avant sélection, le choix de femelles de renouvellement dont les valeurs génétiques sont mieux connues que sur performance et pedigree. La précision des index génomiques est d’autant plus élevée que le nombre d’individus est important dans la population de référence des animaux génotypés et phénotypés et que leur phénotype est précis. Outre l’importante diversité génétique des races allaitantes au regard de celle des races laitières, une difficulté à la mise en œuvre d’une sélection génomique efficace a été la taille réduite des populations d’individus génotypés et aux phénotypes connus précisément dans les  races allaitantes et les races laitières régionales.

Résultats

Au sein de l’UMR1313 GABI, les scientifiques et ingénieurs de l’UMT 3G associant l'INRA, ALLICE et l’Institut de l’Elevage, ont développé une nouvelle technologie d’évaluation génomique dans le cadre du programme de recherche GEMBAL (ANR-10-GENM-0014) permettant d'obtenir des index génomiques des bovins dans le système d'évaluation génétique français. Ce projet a été financé de 2011 à 2014 par l’ANR, APIS-GENE, Races de France, ALLICE et l’INRA (AIP Bio-ressources) et fait l’objet d’une valorisation confiée à APIS-GENE. En 2015, la sélection génomique a pu être mise en œuvre dans les trois principales races allaitantes (Charolaise, Limousine, Blonde d’Aquitaine) et quatre races laitières régionales (Abondance, Tarentaise, Simmental et Vosgienne) pour lesquelles les efforts de constitution de populations de référence nationale ont été conséquents au travers de projets de R&D nationaux et régionaux. Ce sont aujourd’hui 12 races bovines françaises qui, avec des stratégies diverses pour développer leur population de référence, ont accès à la technologie de la sélection génomique. Dans le même temps, une rénovation profonde de la méthodologie a été mise en œuvre dans les races laitières pour tirer au mieux parti des populations de référence femelles maintenant de très grande taille, maximiser la précision des évaluations et faire face à un volume massif de génotypage.

Perspectives

En octobre 2015, l’interprofession France Génétique Elevage a officialisé la diffusion de ces nouveaux index génomiques. A l’horizon 2020, il est vraisemblable que l’ensemble des 18 races bovines en sélection en France sera entrée dans l’ère génomique.

Valorisation

Application de l’évaluation génomique dans les trois principales races allaitantes (Charolaise, Limousine, Blonde d’Aquitaine) et dans huit races laitières nationales (Holstein, Montbéliarde, Normande) ou régionales (Pie Rouge des Plaines, Brune, Abondance, Tarentaise et Vosgienne), la décision pour la race Simmental étant en attente du fait de son contexte international.

Références bibliographiques

C. Hozé, S. Fritz, F. Phocas, D. Boichard, V. Ducrocq, P. Croiseau, 2013. Efficiency of multi-breed genomic selection for dairy cattle breeds with different sizes of reference population. J Dairy Sci 97:3918
M. Gunia, R. Saintilan, E. Venot, C. Hozé, M. N. Fouilloux , F. Phocas, 2014. Genomic prediction in French Charolais beef cattle using high-density single nucleotide polymorphism markers. J Anim Sci 92:3258
T. Tribout, Barbat M., Saintilan R., Fouilloux M.N., Venot E., Phocas F., 2015. Mise en place d’évaluations génomiques nationales dans les populations bovines allaitantes françaises Charolaise, Limousine et Blonde d’Aquitaine. Communication orale aux Rencontres sur les Recherches autour des Ruminants, 2-3 décembre 2015, La Villette, Paris
P. Croiseau, A. Baur, D. Jonas, C. Hoze, J. Promp, D. Boichard, S. Fritz, V. Ducrocq 2015. A new Marker-Assisted BLUP genomic evaluation for French dairy breeds. Interbull meeting, July 9-12 2015, Orlando, USA.