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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

RumimiR : une base de données répertoriant l’ensemble des microARNs bovins, caprins et ovins.

@Rumimir
L’utilisation massive des techniques de séquençage haut-débit pour explorer les génomes a généré une grande quantité de données. De nombreuses publications ont décrit plusieurs centaines de séquences de microARNs. Nous avons créé une nouvelle base de données, RumimiR, contenant une description détaillée des microARNs bovins, caprins et ovins.

MOTS-CLES : microARN, ruminants, base de données

Ruminir-2
À cette date, 2 887, 2 733 et 5 095 microARNs bovins, caprins et ovins, respectivement, y sont inclus. En plus de leurs positions génomiques et de leurs séquences, cette base contient des informations concernant les animaux, les tissus d’origine et les conditions expérimentales ; les microARNs peuvent être sélectionnés selon ces différents critères. RumimiR contient des informations plus complètes que la base de référence miRBase en contenant des informations importantes concernant les travaux réalisés en production animale telles que la race, l’alimentation des animaux étudiés.

 

L’objectif principal de cette base est d’accéder facilement à tous les microARNs de ruminants décrits dans la littérature.

La sélection génomique, qui repose sur la prédiction de la valeur génétique des animaux candidats à la sélection, ce à partir de l'information fournie par de très nombreux marqueurs génétiques en utilisant des marqueurs neutres, est un levier pertinent et pérenne. La recherche des mutations causales et leur intégration dans les évaluations génomiques permettraient un gain de précision important. Il est donc essentiel de mieux caractériser les mutations causales responsables de la variabilité des caractères quantitatifs liés à l’efficacité de production et à la qualité des produits tel que le lait.
Les évolutions technologiques haut-débit ont permis d’identifier plus précisément des régions génomiques ayant un effet sur les caractères quantitatifs (QTL) d’intérêt dans les espèces d’élevage. Quelques mutations causales ont été identifiées dans les régions codantes de gènes. En revanche, dans la plupart des régions QTL, les mutations candidates sont identifiées dans des régions non-codantes, parmi lesquelles sont localisés des gènes qui codent pour des microARNs.

Ainsi nous avons développé un projet qui a pour objectif de réaliser une annotation fine des QTL laitiers dans trois espèces de ruminants afin d’identifier les microARNs localisés dans ces régions, d’établir un catalogue exhaustif des variants localisés dans ces microARNs, d’étudier l’ensemble des associations microARNs-variants-QTL laitiers, d’évaluer l’effet de ces variants sur la fonction des microARNs.

Afin de mener à bien ce projet, il était nécessaire de disposer de l’ensemble des microARNs décrits dans la littérature chez les bovins, caprins et ovins. Classiquement les scientifiques utilisent la base de données miRBase qui répertorie l’ensemble des microARNs connus chez de très nombreuses espèces. Cependant dans la dernière mise à jour datant de 2018, il s’est avéré que les microARNs obtenus par séquençage à haut-débit ne sont pas répertoriés. De plus, miRBase ne contient pas les informations sur l’origine des microARNs telles que les races, les stades de lactation des animaux, éléments important à considérer dans notre projet. Nous avons souhaité mettre à disposition de la communauté scientifique ces informations collectées dans la littérature en créant la base de données RumimiR, grâce à une collaboration entre les équipes GaLac (GABI), GenROC (GenPhySE) et Sigenae.
Les données de 78 articles ont été collectées. Ainsi 2 887, 2 733 et 5 095 microARNs bovins, caprins et ovins, respectivement, ont été répertoriés dans RumimiR. Les informations détaillées sur les animaux (âge, race, etc.), la thématique de l’étude (santé, nutrition, etc.), les échantillons (tissus), la technique de séquençage, présentes dans chaque publication sont renseignées dans RumimiR. Afin d’homogénéiser les informations, les séquences de microARNs ont été alignées sur les dernières versions des génomes de référence disponibles en 2018, c’est-à-dire UMD3.1.1 pour les bovins, ARS1 pour les caprins et Oar v4.0 pour les ovins. Les séquences des microARNs ont été systématiquement comparées avec les séquences des petits ARNs déjà décrits (ARN ribosomaux, de transfert, nucléaires…) et leur identité avec des microARNs humains et murins a aussi été recherchée. Ces analyses complémentaires nous ont permis de proposer un code de fausse-positivité pour chaque microARN rentré dans la base, donnant ainsi aux utilisateurs des informations supplémentaires sur la nature des microARNs.
Pour chaque microARN, 29 caractéristiques sont renseignées. La base de données permet de filtrer les microARNs en fonction d’une ou plusieurs de ces caractéristiques et les résultats alors obtenus sont téléchargeables sous différents formats (Excel, Fasta, etc.).
La base de données contient l’ensemble des microARNs connus à ce jour dans trois espèces. Les nouveaux microARNs qui seront décrits dans la littérature seront introduits dans la base de données. Deux mises à jour sont prévues chaque année, avec archivage accessible des versions antérieures. Les génomes de référence utilisés seront aussi pris en compte dans les mises à jour. Cette base de données pourra accueillir les microARNs d’autres espèces en fonction des besoins.
  

Contact(s)

Contact(s) scientifique(s) :

Département(s) associé(s) : Génétique Animale

Centre(s) associé(s) : Jouy-en-josas

 

OpenScience

Priorité INRA du Document d'Orientation

#OpenScience-2:  Une organisation des données pour le partage et la réutilisation.

Voir aussi

Valorisation

Cette base de données est en accès libre sur internet : http://rumimir.sigenae.org/

Références bibliographiques

Bourdon, C., Bardou, P., Aujean, E., Le Guillou, S., Tosser-Klopp, G., Le Provost, F. RumimiR: a detailed microRNA database focused on ruminant species. Database (2019) Vol. 2019: article ID baz099; doi:10.1093/database/baz099