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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

Trois nouveaux projets Européens sur l’annotation des génomes

@European community
Depuis son lancement, l’initiative FAANG (Functional Annotation of Animal Genomes) s'est élargie grâce aux activités de recherche entreprises par un nombre croissant de partenaires internationaux. L’INRA s’investit fortement dans cette démarche avec l’implication, en coordination ou en participation, dans trois consortiums Européens : GENE-SWitCH, BovReg et AQUA-FAANG.

MOTS-CLES : annotation de génomes ; annotation fonctionnelle ; génome ; sélection ; animaux domestiques ; bovin ; porc ; volaille ; poissons.

ProjetsEuropeens
Ces projets de grande envergure ont pour but l’annotation fonctionnelle du génome et l’amélioration des méthodes de sélection pour les bovins, porcs, volailles et poissons. 

 

La mise à disposition, ces dernières années, de la séquence du génome complet de plusieurs espèces domestiques, a permis le développement d’outils de génotypage et de nouvelles méthodes de sélection, notamment la sélection génomique. Cependant, à ce jour, la découverte des variants génétiques directement impliqués dans les caractères d’intérêt agronomique reste rare. Améliorer l’annotation fonctionnelle du génome des espèces domestique est devenue incontournable pour mieux appréhender les bases moléculaires des caractères et améliorer les outils de sélection.

L’objectif primordial de l’initiative internationale FAANG est d’organiser les actions de la communauté scientifique afin de coordonner la création de cartes fonctionnelles de référence des génomes d’animaux domestiques par une approche collaborative et ouverte (‘Open Science’). De telles cartes permettent de déterminer quelles régions du génome sont fonctionnelles, avec quelle temporalité, dans quel contexte, dans quelles cellules et quels tissus. Elles contribuent ainsi à la biologie prédictive. L’Europe, avec les trois projets H2020 démarrés en 2019, est un contributeur majeur du réseau et des actions de FAANG. Dans ce contexte l’INRA s’est réaffirmé comme un des principaux acteurs internationaux sur l’annotation fonctionnelle des génomes animaux (Foissac et al, 2019, Giuffra et al. 2019).

Trois projets européens H2020 ont démarré en 2019 :

  • GENE-SWitCH, coordonné par Elisabetta Giuffra et Hervé Acloque (INRA),
  • BovReg, coordonné par Christa Khün (Leibniz Institute for Farm Animal Biology, Germany) et Dominique Rocha (INRA) et
  • AQUA-FAANG, coordonné par Sigbjørn Lien (Norwegian Univ. Life Sciences, Norway) et Daniel McQueen (The University of Edinburgh, the Roslin Institute, UK).

Les projets ciblent deux principales espèces monogastriques, porcs et volailles (GENE-SWitCH), une espèce de ruminants, les bovins (BovReg), et six espèces de poissons d’intérêt économique en Europe (AQUA-FAANG).

L’objectif est d’améliorer l’annotation des génomes et de générer des cartes fonctionnelles de référence pour toutes ces espèces, dans différents tissus et environnements. Ainsi, la compréhension de la variabilité des caractères d’intérêt en élevage sera renforcée et les connaissances acquises auront vocation à être intégrées dans les modèles de sélection.

L’objectif principal de ces projets est l’annotation fonctionnelle en modalité “open Science”, en coordination et en synergie avec les projets en cours de la communauté FAANG. L’ensemble des données sera obtenu au travers de processus standardisés pour harmoniser les résultats puis sera déposé dans des bases de données publiques les rendant accessibles à toute la communauté scientifique. Ces trois projets seront les principaux pionniers internationaux pour l’utilisation des nouvelles annotations afin d’améliorer les modèles et méthodes de sélection génomique.

   

Contact(s)

Contact(s) scientifique(s) :

Département(s) associé(s) : Génétique Animale

Centre(s) associé(s) : Jouy-en-josas

 

OpenScience_e30133

Priorité INRA du Document d'Orientation

#OpenScience-3 : Des approches prédictives en biologie.

Figure 1. Les trois projets H2020 et les équipes de recherche.
Coordination: pour GENE-SWitCH, Elisabetta Giuffra et Hervé Acloque (INRA-Dépt. GA, Unité GABI); pour BovReg, Christa Khün (Leibniz Institute for Farm Animal Biology (FBN), Dummerstorf, Germany) et Dominique Rocha (INRA-Dépt. GA, Unité GABI); pour AQUA-FAANG, Sigbjørn Lien (Norwegian Univ. Life Sciences (NMBU) et Daniel McQueen (The University of Edinburgh, the Roslin Institute, U.K.).

Voir aussi

Références bibliographiques

Foissac S et al. Multi-species annotation of transcriptome and chromatin structure in domesticated animals. BMC Biol. (in press).

Giuffra E, Tuggle CK. The FAANG Consortium. Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG): Current Achievements and Roadmap. Annu Rev Anim Biosci. 2018 Nov 14. doi: 10.1146/annurev-animal-020518-114913.