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Dernière mise à jour : Mai 2021

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

GENE-SWitCH: The regulatory GENomE of SWine and CHicken: functional annotation during development

GENE-SWitCH
Le projet GENE-SWitCH vise à fournir de nouvelles connaissances fondamentales sur le fonctionnement du génome des deux principales espèces d’animaux d’élevage monogastriques (le porc et le poulet) par la production d’annotations fonctionnelles, qui seront transférables immédiatement dans les filières porcine et avicole.

L’annotation fonctionnelle permet d’identifier les transcrits et les éléments régulateurs présents dans les génomes, en fonction des stades de développement et des tissus, et en réponse aux perturbations environnementales. En coordination et en synergie avec les efforts mondiaux et les projets en cours de la communauté « Functional Annotation of Animal Genomes » (FAANG), nous caractériserons la dynamique (« Switch ») de ces éléments régulateurs du génome depuis l'embryon (poulet) et le fœtus (porc) jusqu’à l’adulte dans un panel de tissus pertinents pour réaliser ces annotations et pour améliorer la durabilité des systèmes d’élevage. Ces données permettront de développer de nouveaux modèles prédictifs en sélection génomique par l’intégration de l’information génétique contenue dans les annotations fonctionnelles. Ces modèles seront ensuite validés grâce à la production de nouvelles données QTL d'expression chez les porcs et les données existantes de QTL à haute résolution chez le poulet, puis dans les populations de porcs et de volailles commerciales. De plus, des données épigénétiques en lien avec le mode de nutrition permettront d’évaluer l’influence du régime alimentaire de la mère sur l’épigénome du fœtus de porc, et de déterminer si de tels effets persistent après le sevrage. Ces jeux de données ouverts seront conformes aux normes FAANG et apporteront à cette communauté de précieuses connaissances sur les variations génétiques et épigénétiques des éléments fonctionnels. Un important programme de diffusion et de sensibilisation auprès des parties prenantes sera mis en œuvre. Le consortium GENE-SWitCH regroupe dans un véritable effort de co-création, des partenaires représentant l'excellence européenne (y compris les institutions académiques pionnières de FAANG), et des leaders industriels mondiaux des secteurs de l'élevage et des biotechnologies. Par conséquent GENE-SWitCH contribuera considérablement à l'effort global du projet FAANG, et montrera en quoi l'annotation fonctionnelle des génomes peut promouvoir la sélection génomique, avec un bénéfice immédiat pour les filières d’élevage et pour le développement de nouvelles stratégies de productions animales durables.

Financement CE H2020

Programme(s)

Thème(s) : SFS-30-2018-2019-2020 - Agri-Aqua Labs

Appel à propositions; H2020-SFS-2018-2

Régime de financement : RIA - Research and Innovation action

Période : 1 juillet 2019 - 30 juin 2023

Coordination : INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE, L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT, UMR GABI, Elisabetta Giuffra, elisabetta.giuffra@inrae.fr (co-coordinateur : Hervé Acloque - herve.acloque@inrae.fr)

Consortium de 10 partenaires :

INRA TRANSFERT SAS (France), THE UNIVERSITY OF EDINBURGH (Royaume-Uni), WAGENINGEN UNIVERSITY (Pays-Bas), EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY (Allemagne), UPPSALA UNIVERSITET (Suède), DIAGENODE (Belgique), EUROPEAN FORUM OF FARM ANIMAL BREEDERS (Pays-Bas), FEDERAZIONE EUROPEA DI ZOOTECNICA (Italie), HENDRIX GENETICS RESEARCH,TECHNOLOGY & SERVICES BV (Pays-Bas), INSTITUT DE RECERCA I TECNOLOGIA AGROALIMENTARIES (Espagne)

 Kick off du projet européen GENE-SWitCH

Le Kick off du projet européen GENE-SWitCH se déroule les 10 et 11 septembre 2019

Le projet GENE-SWitCH vise à fournir de nouvelles connaissances fondamentales sur le fonctionnement du génome des deux principales espèces...
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