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L’annotation fonctionnelle permet d’identifier les transcrits et les éléments régulateurs présents dans les génomes, en fonction des stades de développement et des tissus, et en réponse aux perturbations environnementales. En coordination et en synergie avec les efforts mondiaux et les projets en cours de la communauté « Functional Annotation of Animal Genomes » (FAANG), nous caractériserons la dynamique (« Switch ») de ces éléments régulateurs du génome depuis l'embryon (poulet) et le fœtus (porc) jusqu’à l’adulte dans un panel de tissus pertinents pour réaliser ces annotations et pour améliorer la durabilité des systèmes d’élevage. Ces données permettront de développer de nouveaux modèles prédictifs en sélection génomique par l’intégration de l’information génétique contenue dans les annotations fonctionnelles. Ces modèles seront ensuite validés grâce à la production de nouvelles données QTL d'expression chez les porcs et les données existantes de QTL à haute résolution chez le poulet, puis dans les populations de porcs et de volailles commerciales. De plus, des données épigénétiques en lien avec le mode de nutrition permettront d’évaluer l’influence du régime alimentaire de la mère sur l’épigénome du fœtus de porc, et de déterminer si de tels effets persistent après le sevrage. Ces jeux de données ouverts seront conformes aux normes FAANG et apporteront à cette communauté de précieuses connaissances sur les variations génétiques et épigénétiques des éléments fonctionnels. Un important programme de diffusion et de sensibilisation auprès des parties prenantes sera mis en œuvre. Le consortium GENE-SWitCH regroupe dans un véritable effort de co-création, des partenaires représentant l'excellence européenne (y compris les institutions académiques pionnières de FAANG), et des leaders industriels mondiaux des secteurs de l'élevage et des biotechnologies. Par conséquent GENE-SWitCH contribuera considérablement à l'effort global du projet FAANG, et montrera en quoi l'annotation fonctionnelle des génomes peut promouvoir la sélection génomique, avec un bénéfice immédiat pour les filières d’élevage et pour le développement de nouvelles stratégies de productions animales durables.