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31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

Didier BOICHARD, Directeur de Recherche

BOICHARD Didier
Sélection génomique ; amélioration génétique des bovins ; évaluation des reproducteurs ; analyse d'association ; composition du lait ; santé des bovins ; anomalies génétiques

 

INRAE, UMR 1313 Génétique Animale et Biologie Intégrative
Domaine de Vilvert, Bat 211, 78352 Jouy en Josas
Tel : +33 (0) 1 34 65 21 81 
orcid.org/0000-0003-0361-2961

Email : didier.boichard(at)inrae.fr

Équipe Génétique et Génomique Bovine

 CV :

  • Ingénieur agronome de l’Institut National Agronomique Paris Grignon, 1982
  • DEA de Génétique quantitative, Paris VI, 1985
  • Thèse de docteur ingénieur de l’INA Paris Grignon, 1987
  • Chargé de recherche INRAE (1987) puis Directeur de Recherche (1996)
  • Directeur du Département de Génétique Animale de 2002 à 2009
  • Président du GIE Labogena de 2004 à 2013
  • Membre de l'Académie Vétérinaire de France
  • Médaille d'Or de l'Académie d'Agriculture de France (2015)
  • L'équipe G2B a reçu le Laurier de l'Impact de INRAE en 2016, pour son activité de sélection génomique bovine

Domaines de recherche : 

Sélection génomique ; amélioration génétique des bovins ; génétique quantitative ; évaluation génétique des reproducteurs ; cartographie de QTL ; déterminisme génétique de la composition du lait ; déterminisme génétique de la fertilité ; déterminisme génétique de la résistance aux mammites ;  gènes à effets majeurs et anomalies génétiques.

Autres activités :

  • Coordination : animateur de l’équipe G2B, coanimateur de l'UMT 3G (2011-16) puis de l'UMT eBIS (2017-22)
  • Expertise : Membre de la Commission Nationale d’Amélioration Génétique ; membre du comité de direction de France Génétique Elevage

Sélection de Publications :

Sanchez M.P., Rocha D., Charles M., Boussaha M., Hozé C., Brochard M., Delacroix-Buchet A., Grosperrin P., Boichard D. 2021. Sequence-based GWAS and post-GWAS analyses reveal a key role of SLC37A1 and ANKH genes and gene regulatory regions on bovine milk minerals. Scientific Reports, 11, 7537.

Rostellato R., Promp J., Leclerc H., Mattalia S., Friggens N.C., Boichard D., Ducrocq V. Influence of production, reproduction, morphology and health traits on true and functional longevity in French Holstein cows. J Dairy Sci, 104, ehead of print.

Bourdon C, Boussaha M, Bardou P, Sanchez MP, Le Guillou S, Tribout T, Larroque H, Boichard D, Rupp R, Le Provost F, Tosser-Klopp G. 2021. In silico whole genome SNP datasets analyses identify variations in microRNAs with a potential impact on dairy traits in bovine, caprine and ovine species. Scientific Reports 11, 19580.

Floriot S., Duchesne D., Grohs C., Hozé C., Deloche M.C., Fayolle G., Vilotte J.L., Boichard D., Fritz S.,  Boussaha M. 2021. A missense mutation in the FZD7 gene is associated with dilution of the red areas of the coat in Montbéliarde cattle. Animal Genetics, 52, 351-355.

Lefebvre R., Larroque H., Barbey S., Gallard Y., Colleau J.J., Lainé A.L., Boichard D., Martin P. 2021. Genome wide association study for age at puberty and resumption of cyclicity in a French crossbred cattle population. J. Dairy Sci. 104, 5794-5804.

Bérodier M., Berg P., Meuwissen T.H.E., Boichard D., Brochard M., Ducrocq V. 2021. Improved dairy cattle mating plans at herd level using genomic information. Animal, 15:100016.

Ben Abdelkrim A., Tribout T., Martin O., Boichard D., Ducrocq V., Friggens N.C. 2021. Exploring simultaneous perturbation profiles in milk yield and body weight reveals a diversity of animal responses and new opportunities to identify resilience proxies. J Dairy Sci. 104: 459-470.

Zhang J., Kadri N., Mullaart E., Spelman R., Fritz S., Boichard D., Charlier C., Georges M., Druet T. 2020. Genetic architecture of individual variation in recombination rate on the X-chromosome in cattle, Heredity, 125:304–316.

Tribout T., Croiseau P., Lefebvre R.,  Barbat A., Boussaha M., Fritz S., Boichard D., Hoze C., Sanchez M.P. 2020. Confirmed candidate causative variants for milk production, udder health and udder morphology in dairy cattle. Genet Sel Evol, 52: 55.

Boichard D. 2020. Nouvelles modalités de diffusion de la génétique. In “Génétique des animaux d'élevage : Diversité et adaptation dans un monde changeant”, Quae, E Verrier, D Milan, C Rogel-Gaillard Eds, chapitre 12, 193-203.

Sanchez M.P., Fritz S., Patry C., Delacroix-Buchet A., Boichard D. 2020. Milk protein variant and haplotype frequencies estimated from genotypes of more than one million bulls and cows of twelve French cattle breeds. J Dairy Sci, 103: 9124-9141.

Sanchez M.P., Guatteo R., Davergne A., Saout J., Grohs C., Deloche M.C., Taussat S., Fritz S., Boussaha M., Blanquefort P., Delafosse A., Joly A., Schibler L., Fourichon C., Boichard D. 2020. Identification of the ABCC4, IER3 and CBFA2T2 candidate genes for resistance to paratuberculosis in Holstein and Normande dairy cattle from a sequence-based GWAS. Genet Sel Evol, 52: 14.

Van Den Berg I., Xiang R., Jenko J., Pausch H., Boussaha M., Tribout T., Gjuvsland A.B., Boichard D., Nordbø Ø., Sanchez M-P., Goddard M.E. 2020. Large scale multi breed meta-analysis for fat and protein percentage using imputed sequence variant genotypes in 94,321 cattle from eight dairy breeds. Genet Sel Evol, 52: 37.

Liu A., Lund M.S., Boichard D., Karaman E., Guldbrandtsen B., Fritz S., Aamand G.P., Nielsen U.S., Sahana G., Wang Y., Su G. 2020. Weighted single-step genomic best linear unbiased prediction integrating the variants selected from sequencing data by association and bioinformatics analyses. Genet Sel Evol, 52: 48.

Liu A., Lund M.S., Boichard D., Mao X., Karaman E., Fritz S., Pedersen Aamand G., Wang Y., Su G. 2020. Imputation for sequencing variants preselected to a customized low-density chip. Sci Rep, 10: 9524.

Hozé C., Escouflaire C., Mesbah-Uddin M., Barbat A., Boussaha M., Deloche M.C., Boichard D., Fritz S., Capitan A. 2020. Short Communication: A splice site mutation in CENPU is associated with recessive embryonic lethality in Holstein cattle. J Dairy Sci, 103: 607–612.

Liu A., Lund M.S., Boichard D., Karaman E., Fritz S., Aamand G.P., Nielsen U.S., Wang Y., Su G. 2020. Improvement of genomic prediction by additional single nucleotide polymorphisms selected from whole genome sequencing data. Heredity, 124: 37-49.

Boichard D. 2019. Development of dairy breeding programs. Book “Advances of breeding in dairy cattle”, Burleigh-Dodds, Chapitre 23, 16p.

Sanchez M.P., Wolf V., Laithier C., El Jabri M., Beuvier E., Rolet-Repecaud O., Gaudilliere N., Minery S., Ramayo-Caldas Y., Tribout T., Michenet A., Boussaha M., Taussat S., Fritz S., Delacroix-Buchet A., Grosperrin P., Brochard M., Boichard D. 2019. Analyse génétique de la fromageabilité du lait de vache prédite par spectrométrie moyen infrarouge en race Montbéliarde. INRA Productions Animales, 32: 379-398.

Dezetter C., Boichard D., Bareille N., Grimard B., Le Mezec P., Ducrocq V. 2019. Le croisement entre races bovines laitières : Quel intérêt pour des ateliers en race pure Prim’Holstein ? INRA Productions Animales, 32: 359-378.

Sanchez M.P., Ramayo-Caldas Y., Wolf V., Laithier C., El Jabri M., Michenet A., Boussaha M., Taussat S., Fritz S., Delacroix-Buchet A., Brochard M., Boichard D. 2019. Sequence-based GWAS, network and pathway analyses reveal genes co-associated with milk cheese making properties and milk composition in Montbéliarde cows. Genet Sel Evol, 51: 34.

El Jabri M., Sanchez M.P., Trossat P., Laithier C., Wolf V., Grosperrin P., Beuvier E., Rolet-Répécaud O., Gavoye S., Gauzere Y., Belysheva O., Notz E., Boichard D., Delacroix-Buchet A. 2019. Comparison of Bayesian and PLS regression methods for mid-infrared prediction of cheese-making properties in Montbéliarde cows. J Dairy Sci, 102: 6943–6958.

Uddin M.M., Hoze C., Michot P., Barbat A., Lefebvre R., Boussaha M., Sahana G., Fritz S., Boichard D., Capitan A. 2019. A missense mutation (p.Tyr452Cys) on CAD gene compromises reproductive success in dairy cattle. J Dairy Sci, 102: 6340–6356.

Mesbah-Uddin M, Guldbrandtsen B, Lund MS, Boichard D, Sahana G. 2019. Joint imputation of whole-genome sequence variants and large chromosomal deletions in cattle. J Dairy Sci, 102: 11193-11206

Navarro-Gonzalez N, Fourichon C, Blanquefort P, Delafosse A, Joly A, Ngwa-Mbot D, Biet F, Boichard D, Schibler L, Journaux L, Meens E, Guatteo R. 2019. Longitudinal Study of Mycobacterium avium subsp paratuberculosis Shedding Patterns and Concurrent Serological Patterns in Naturally Infected Dairy Cattle. J Dairy Sci, 102: 9117-9137.

Bérodier M., Brochard M., Boichard D., Dezetter C., Bareille N., Ducrocq V. 2019. Use of sexed semen and female genotyping impacts genetic and economic outcomes of Montbéliarde dairy herds depending on the farming system considered. J Dairy Sci, 102: 10073–10087.

Sellier P, Boichard D, Verrier E. 2019. La génétique animale à l‘Inra : soixante ans d'une histoire scientifique en prise avec le monde de la sélection et riche en rebondissements technologiques. Histoire Recherche Contemporaine, 8: 86-98.

Boichard D, Mattalia S, Fritz S. 2018. La sélection dans l’espèce bovine et ses perspectives. Bull Acad Vet, 170: 215-220.

Sanchez M.P., El Jabri M., Minery S., Wolf V., Beuvier E., Laithier C., Delacroix-Buchet A., Brochard M., Boichard D. 2018. Genetic parameters for cheese-making properties and milk composition predicted from mid-infrared spectra in a large dataset of Montbéliarde cows. J Dairy Sci, 101: 10048–10061.

Sanchez M.P., Wolf V., El Jabri M., Beuvier E., Rolet-Repecaud O., Gauzere Y., Minery S., Brochard M., Michenet A., Taussat S., Barbat-Leterrier A., Delacroix-Buchet A., Laithier C., Fritz S., Boichard D. 2018. Short-communication: Confirmation of candidate causative variants on milk composition and cheese-making properties in Montbéliarde cows. J Dairy Sci, 101: 10076–10081.

Marete A., Guldbrandtsen B., Lund M.S., Sahana G., Boichard D. 2018. A meta-analysis including pre-selected sequence variants associated with seven traits in three French dairy cattle populations. Frontiers in Genetics, 9: 522.

Duchesne A., Vaiman A., Frah M., Floriot S., Rodriguez S., Desmazieres A., Fritz S., Beauvallet C., Albaric O., Venot E., Bertaud M., Guatteo R., Esquerre D., Brice A., Vilotte J.L., Darios F., Stevanin G., Boichard D., El Hachimi K.H. 2018. Progressive ataxia of Charolais cattle highlights a role of KIF1C in sustainable myelination. Plos Genetics, 14: e1007550.

Rainard P., Foucras G., Boichard D., Rupp R. 2018. Invited review: Low milk somatic cell count and susceptibility to mastitis. J Dairy Sci, 101: 6703-6714.

Rainard P., Foucras G., Boichard D., Rupp R. 2018. Faibles concentrations cellulaires du lait et sensibilité aux mammites des ruminants laitiers. INRA Prod Anim, 31: 365-376.

Perrier J.P., Sellem E., Prezelin A., Gasselin M., Jouneau L., Piumi F., Al Adhami H., Weber M., Fritz  S., Boichard D., Le Danvic C., Schibler L., Jammes H., Kiefer H. 2017. A multi-scale analysis of bull sperm methylome revealed both species peculiarities and conserved tissue-specific features. BMC Genomics, 19: 404.

Fritz S., Hoze C., Rebours E., Barbat A., Bizard M., Chamberlain A., Escouflaire C., Vander Jagt C., Boussaha M., Grohs C., Allais-Bonnet A., Philippe M., Vallee A., Amigues Y., Hayes B.J., Boichard D., Capitan A. 2018. An initiator codon mutation in SDE2 causes recessive embryonic lethality in Holstein cattle. J Dairy Sci, 101: 6220-6231.

Marete A.G., Boichard D., Lund M.S., Ramayo-Caldas Y. 2018. A system-based analysis of the genetic determinism of udder conformation and health traits across three French Dairy Breeds. Plos One, 13: e0199931.

Marete A.G., Sahana G., Fritz S., Lefebvre R., Barbat-Leterrier A., Lund M.S., Guldbrandtsen B., Boichard D. 2018. Genome-wide association study for milking speed in French Holstein cows. J Dairy Sci., 101: 6205-6219.

Bouwman A.C., Daetwyler H.D., Chamberlain A.J., Hurtado Ponce C., Sargolzaei M., Schenkel F.S., Sahana G., Govignon-Gion A., Boitard S., Dolezal M., Pausch H., Brøndum R.F., Bowman P.J., Thomsen B., Guldbrandtsen B., Lund M.S., Servin B., Garrick D.J., Reecy J., Vilkki J., Bagnato A., Wang M., Hoff J.L., Schnabel R.D., Taylor J.F., Vinkhuyzen A.A.E., Panitz F., Bendixen C., Holm L.E., Gredler B., Hozé C., Boussaha M., Sanchez M.P., Rocha D., Capitan A., Tribout T., Barbat A., Croiseau P., Drögemüller C., Jagannathan V., Vander Jagt C., Crowley J.J., Intergenomics Consortium, Bieber A., Purfield D.C., Berry D.P., Emmerling R., Götz K.U., Van Tassell C.P, Fries R., Stothard P., Veerkamp R.F., Boichard D., Goddard M.E., Hayes B.J.  2018. Meta-analysis of genome wide association studies for the stature of cattle reveals common genes that regulate size in mammals. Nature Genetics, 50: 362-367, DOI:10.1038/s41588-018-0056-5.

Charton C., Guinard-Flament J, Lefebvre R, Barbey S., Gallard Y, Boichard D, Larroque H. 2017. Genetic determinism of milk production traits in response to a three-week once-daily milking period in crossbred Holstein × Normande dairy cows. J Dairy Sci, 101: 2235–2247.

Mesbah-Uddin M., Guldbrandtsen B., Iso-Touru T., Vilkki J., De Koning D.J., Boichard D., Lund M.S., Sahana G. 2018. Genome-wide mapping of large deletions and their population-genetic properties in dairy cattle. DNA Research, 25: 49-59.

Sanchez M.P., Govignon-Gion A., Croiseau P., Fritz S., Hoze C., Miranda G., Martin P., Barbat-Leterrier A., Brochard M., Boussaha M., Boichard D. 2017. Within-breed and multi-breed GWAS on imputed whole genome sequence variants reveal candidate mutations affecting milk protein composition in dairy cattle. Genetics Selection Evolution, 49: 68.

Bourneuf E., Otz P., Pausch H., Jagannathan V., Michot P., Grohs C., Piton G., Ammermüller S., Deloche M.C., Fritz S., Leclerc H., Péchoux C., Boukadiri A., Saintilan R., Créchet F., Mosca M., Segelke D., Guillaume F., Bouet S., Baur A., Vasilescu A., Genestout L., Thomas A., Allais-Bonnet A., Rocha D., Colle M.A., Klopp C., Esquerré D., Wurmser C., Flisikowski K., Schwarzenbacher H., Burgstaller J., Brügmann M., Dietschi E., Huth N., Freick M., Barbey S., Fayolle G., Danchin-Burge C., Schibler L., Bed’hom B., Hayes B.J., Daetwyler H.D., Fries R., Boichard D., Pin D., Drögemüller C., Capitan A. 2016. Rapid Discovery of De Novo Deleterious Mutations in Cattle Using Genome Sequence Data: Enhancing the Value of Farm Animals as Model Species. Scientific Reports, 7: 11466.

Michot P., Fritz S., Barbat A., Boussaha M., Deloche M.C., Grohs C., Hoze C., Le Berre L., Le Bourhis D., Desnoes O., Salvetti P., Schibler L., Boichard D., Capitan A. A missense mutation in PFAS is likely causal for embryonic lethality associated with the MH1 haplotype in Montbeliarde dairy cattle. J Dairy Sci, 100: 8176–8187.

Duchesne A., Vaiman A., Castille J., Beauvallet C., Gaignard P., Floriot S., Rodriguez S., Vilotte M., Boulanger L., Passet B., Albaric O., Guillaume F., Boukadiri A., Richard L., Bertaud M., Timsit E., Guatteo R., Jaffrézic F., Calvel P., Mahla R., Esquerré D., Péchoux C., Liu S., Vallat J.M., Boichard D., Slama A., Vilotte J.L. 2017. Bovine and murine models highlight novel roles for SLC25A46 in mitochondrial dynamics and metabolism, with implications for human and animal health. Plos Genet, 13: e1006597.

Fang Z.H., Bovenhuis H., Delacroix-Buchet A., Miranda G., Boichard D., Visker M.H.P.W., Martin P. 2017. Genetic and non-genetic factors contributing to differences in alpha-s-casein phosphorylation isoforms and other major milk proteins. J Dairy Sci, 100: 5564-5577.

Letaief R, Rebours E, Grohs C, Meersseman C, Fritz S, Trouilh L, Esquerré D, Barbieri J, Klopp C, Philippe R, Blanquet V, Boichard D, Rocha D, Boussaha M. 2017. Identification of copy number variation in French dairy and beef breeds using next-generation sequencing. Genet Sel Evol, 49: 77.

Sanchez M.P., Govignon-Gion A., Ferrand M., Gele M., Pourchet D., Miranda G., Martin P., Brochard M., Boichard D. 2017. Short-communication: Genetic parameters for milk protein composition in the French Montbéliarde, Normande and Holstein dairy cattle breeds. Journal of Dairy Science, 100: 6371-6375.

Boichard D, Ducrocq V, Croiseau P, Fritz S. 2016. Genomic selection in domestic animals: Principles, applications and perspectives. CR Biol, 339: 274-277.

Boichard D. , Grohs C. , Danchin C., Capitan A. 2016. Anomalies génétiques : définition, principes et concepts. INRA Productions Animales, 29: 297-306.

Grohs C, Duchesne A, Floriot S, Deloche MC, Boichard D, Ducos A, Danchin-Burge C. 2016. L’Observatoire National des Anomalies Bovines, son action et ses résultats pour une aide efficace à la gestion des anomalies génétiques. Inra Prod Anim, 29: 307-318.

Duchesne A, Grohs C, Michot P, Bertaud M, Boichard D, Floriot S, Capitan A. 2016. Du phénotype à la mutation causale : le cas des anomalies récessives bovines. Inra Prod Anim, 29: 319-328.

Fritz S.,  Michot P, Hoze C., Grohs C, Barbat A., Boussaha M., Boichard D, Capitan A. 2016. Anticiper l'émergence d'anomalies génétiques grâce aux données génomiques. INRA Productions Animales, 29: 339-350.

Boichard D, Grohs C, Michot P, Danchin C, Capitan A, Genestout L, Barbier S., Fritz S. 2016. Prise en compte des anomalies génétiques en sélection. INRA Productions Animales, 29: 351-358.

Boussaha M., Michot P., Letaief R., Hoze C., Fritz S., Grohs C., Esquerre D., Duchesne A., Philippe R., Blanquet V., Phocas F., Floriot S., Rocha D., Klopp C., Capitan A., Boichard D. 2016. Construction of a large collection of small genome variations in French dairy and beef breeds using whole genome sequences. Genetics Selection Evolution, 48: 87.

Kadri N.K., Harland C., Faux P., Cambisano N., Karim L., Coppieters W., Fritz S., Mullaart E., Baurain D., Boichard D., Spelman R., Charlier C., Georges M., Druet T. 2016. Sequence-based association analysis identifies coding and non coding variants in HFM1, MLH3, MSH4, MSH5, RNF212 and RNF212B with large effects on male and female recombination rate in cattle. Genome Research, 26: 1323-1332.

Van Den Berg I., Boichard D., Lund M.S. 2016. Sequence variants selected from a multi breed GWAS can improve the reliability of genomic prediction in dairy cattle. Genetics Selection Evolution, 48: 83.

Van Den Berg I., Boichard D., Lund M.S. 2016. Comparing power and precision of within and multi breed genome wide association studies of production traits using whole genome sequence data for five French and Danish dairy cattle breeds. Journal of Dairy Science, 99: 8932–8945.

Van Den Berg  I., Boichard D., Guldbrandtsen B., Lund M.S. 2016. Use of sequence variants to improve accuracy of genomic prediction in dairy cattle breeds. G3, 6: 2553-2561.

Michot P., Chahory S., Marete A., Grohs C., Dagios D., Donzel E., Aboukadiri A., Deloche M.C., Allais-Bonnet A., Chambrial M., Barbey S., Boussaha M., Danchin-Burge C., Fritz S., Boichard D., Capitan A. 2016. A reverse genetic approach identifies an ancient frameshift mutation in RP1 causing recessive progressive retinal degeneration in European cattle breeds. Genetics Selection Evolution, 48: 56.

Sanchez M.P. , Govignon-Gion A., Ferrand M., Gele M., Pourchet D., Amigues Y., Fritz S., Boussaha M., Capitan A., Rocha D., Miranda G., Martin P., Brochard M., Boichard D. 2016. Whole genome scan to detect SNP associated to milk protein composition in three French dairy cattle breeds. Journal of Dairy Science, 99: 8203–8215

Colleau J. J., Fritz S., Guillaume F., Baur A., Dupassieux D., Boscher M.Y., Journaux L., Eggen A., Boichard D. 2015. Simulation des potentialités de la sélection génomique chez les bovins laitiers. INRA Productions Animales, 28: 251-258.

Boussaha M., Esquerre D., Barbieri J., Djari A., Pinton A., Letaief R., Salin G., Escudie F., Roulet A., Fritz S., Samson F., Grohs C., Bernard M., Klopp C., Boichard D., Rocha D. 2015. Genome-wide study of structural variants in bovine Holstein, Montbeliarde and Normande dairy breeds. Plos One, 10: e0135931.

Dezetter C., Leclerc H., Mattalia S., Barbat A., Boichard D., Ducrocq V. 2015. Inbreeding and Crossbreeding Parameters for Production and Fertility Traits in Holstein, Montbéliarde, and Normande Cows. Journal of Dairy Science, 98: 4904–4913.

Brøndum R.F, Su G., Janss L., Sahana G., Guldbrandtsen B., Boichard D., Lund M.S. 2015. QTL markers derived from whole genome sequence data increases the reliability of genomic prediction. J Dairy Sci, 98: 4107-4116.

Floriot S., Vesque C., Rodriguez S., Bourgain-Guglielmetti F., Karaiskou A., Gautier M., Duchesne A., Barbey S., Fritz S., Vasilescu A., Bertaud M., Moudjou M., Halliez S., Cormier-Daire V., El Hokayem J., Nigg E.A., Manciaux L., Guatteo R., Cesbron N., Toutirais G., Eggen A., Schneider-Maunoury S., Boichard D., Sobczak-Thépot J., Schibler L.  2015. C-Nap1 mutation affects centriole cohesion and is associated with a Seckel-like syndrome in cattle. Nature Communications, 6: 6894.

Michot P., Fantini O., Braques R., Allais-Bonnet A., Saintilan R., Grohs C., Barbieri J., Genestout L., Danchin C., Gourreau J.M., Boichard D., Pin D., Capitan A. 2015. Whole-genome sequencing identifies a homozygous deletion encompassing exons 17 to 22 of the Integrin Beta 4 Gene in a Charolais calf with Junctional Epidermolysis Bullosa. Genetics Selection Evolution, 47: 37.

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