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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

Un historique dans l’évaluation génétique des reproducteurs.

Depuis la Loi sur l’Elevage de 1966 puis la Loi d’Orientation Agricole de 2006 et jusqu'à l'application du Règlement Zootechnique Européen en novembre 2018, l’Etat français a confié à l’INRA les évaluations génétiques officielles des reproducteurs. Cette mission du Département de Génétique Animale a été réalisée par GABI pour les bovins, les porcs et les chevaux.

L’objectif d’une évaluation génétique est d’estimer la valeur génétique des reproducteurs, c’est-à-dire ce qu’ils transmettent en espérance à leurs descendants pour un caractère donné. Cette valeur génétique qui n’est pas observable doit donc être estimée à partir de trois types d’information, les généalogies, les performances (ou phénotypes) et, plus récemment, l’information des polymorphismes du génome. A l’issue d’une évaluation génétique, un animal dispose d’une estimation de valeur génétique pour chaque caractère évalué. La sélection génétique s’appuie sur ces valeurs objectives pour l’amélioration génétique des animaux.

Pour cette mission d’évaluation génétique, nous avons mobilisé les Systèmes Nationaux d’Information Génétique (ou SNIG). Pour chaque espèce, le SNIG comprend une base gérant l’ensemble des données produites par les nombreux partenaires. Le Centre de Traitement de l’Information Génétique (CTIG, localisé à Jouy-en-Josas) centralise et échange les données de plus de 200 organismes.

Jusqu'en novembre 2018, GABI a eu la responsabilité de l’évaluation génétique des bovins, des porcs et des chevaux. Cette activité était complètement intégrée, de la conception à la réalisation, et jusqu’aux recommandations d’utilisation. Le nombre de caractères évalués a augmenté régulièrement dans toutes les espèces, reflétant la complexité croissante des objectifs de sélection. Au cours du temps, au-delà des caractères de productivité directement lié aux ventes de produits se sont rajoutés des caractères de qualité des produits (viande, lait) puis des caractères fonctionnels essentiels pour la longévité et la santé des animaux. Ainsi, plus de 40 caractères étaient évalués par exemple chez les bovins. Parmi les caractères les plus récemment évalués, notons la mortinatalité des veaux, la résistance aux mammites cliniques, l'intervalle vêlage 1ère insémination, l'acétonémie, les pathologies des pattes chez les bovins laitiers, les caractères de carcasse enregistrés en abattoir, la fertilité, l'efficacité de carrière, la morphologie adulte en bovins allaitants, ainsi que les caractères des veaux de boucherie dans les deux filières. Les évaluations bovines ont été certifiées ISO9001 de 2006 à 2019 sans interruption.

L’utilisation des données de la génomique a révolutionné le domaine des évaluations génétiques et de la sélection. GABI est à la pointe de la recherche mondiale pour le développement de nouveaux outils et méthodes permettant d’utiliser ces nouvelles informations. Dès Octobre 2008, la sélection génomique a été mise en œuvre en bovins laitiers. Cette innovation est la plus importante en sélection depuis plusieurs dizaines d’années.

Le Règlement Zootechnique Européen confie la responsabilité des évaluations génétiques à des Organismes de Sélection (OS). Une structure professionnelle, GenEval, a été créée pour assurer la production des évaluations génétiques pour les OS. L'INRA a préparé cette évolution en transférant ses chaines de calcul et logiciels à GenEval, en assurant la formation, et en donnant accès à son infrastructure de calcul dans le cadre d’une convention, pour que le passage de relais se fasse dans les meilleures conditions.

Durant de longues années, ce travail d’évaluation a été réalisé en étroite collaboration avec les Instituts Techniques en charge la diffusion des résultats aux utilisateurs. Cette forte relation entre les équipes de l’INRA, de l’Institut de l’Elevage et de Allice est reconnue par le Ministère de l’Agriculture dans le cadre de l'« Unité Mixte de Technologie » eBIS renouvelée en 2017. Cette UMT dont le rôle a été fortement renouvelé est toujours fortement impliquée dans la conception de méthodes d’évaluation, par exemple dans la méthodologie dite « Single Step », dans la prise en compte des mutations causales, dans l’estimation des interactions génotype x milieu ou dans l’évaluation des populations en croisement.