Les recherches visent à la compréhension des mécanismes biologiques générés par des agents infectieux (virus et bactéries) chez la truite arc-en-ciel. Elles se situent aux plans cellulaire, moléculaire et génétique et vont de la description des agents pathogènes à la caractérisation de la réaction de l'hôte, offrant l'accés à de nouveaux moyens de sollicitation des défenses spécifiques et non spécifiques chez les vertébrés.

1-Interactions agent pathogène / hôte et immunité chez les poissons :

• La réponse antivirale non spécifique à différents virus (rhabdobvirus, birnavirus) est étudiée dans deux espèces « modèle » de poissons : la truite arc en ciel, salmonidé d’importance aquacole et le poisson zèbre, espèce modèle en génomique, biologie du développement et immunologie. La réponse innée est étudiée en particulier par des méthodes d'analyse des transcriptomes, et complétée par des approches fonctionnelles qui conjuguent les avantages des deux espèces modèles. Les mécanismes d’action de gènes viro-induits sélectionnés sont analysés in vitro et in vivo, dans le cadre de l’étude de l’inflammation en particulier chez le poisson zèbre. La famille multigénique des proteines « TRIM » ou « RBCC » constitue un centre d’intérêt particulier du groupe.

• Les aspects particuliers des réponses immunitaires spécifiques des poissons sont étudiés chez la truite à travers l’analyse de la structure des répertoires B et T, dans différents tissus et au cours des infections. Des méthodologies basées sur la visualisation des profils de taille de jonctions des TCR et Ig, ou sur du séquençage 454 permettent de suivre les réponses des cellules T alpha beta et des cellules B exprimant différents isotypes. 

2-Agents pathogènes et pathogénie :

• Détermination de la séquence du génome de Flavobacterium psychrophilum. Détermination des bases moléculaires de la virulence et de l'antigénicité pour les rhabdovirus des salmonidés (SHV, NHI) et suivie de l'évolution génétique des souches de terrain. Etude par des techniques classiques et moléculaires des bactéries de la famille des Flavobacteriaceae pathogènes pour les poissons. Surveillance de la résistance aux antibiotiques. 
  
  • Participation à la cartographie des gènes impliqués dans la résistance à la SHV et à la flavobactériose, identification des mécanismes responsables de la résistance et de la sensibilité de clones haploides doublés en collaboration avec l'équipe Genaqua de l'unité GABI (INRA, Jouy en Josas).

  L’équipe Infection et Immunité des poissons a accès à une plate-forme expérimentale d’infectiologie permettant d’effectuer des infections virales ou bactériennes de la truite arc-en-ciel et du poisson zèbre. Cette plate-forme s’intégre dans l’unité “Installations expérimentales rongeurs-poissons” du campus de l’INRA de Jouy en Josas. 

  ►Thématiques de recherche  ►Membres de l'équipe  ►Publications de l'équipeThématiques de Recherche Les thématiques de recherche développées dans l'équipe Infection et immunité des poissons sont : I- Interactions agent pathogène-hôte et immunité Analyse globale de la réponse innée et de l'inflammation induites par les virus chez la truite et le poisson zèbre (transcriptome, modèles d'infections, approches in vivo) Caractérisation fonctionnelle de gènes viraux induits chez la truite et le poisson zèbre (chimiokines, viperine…) Génomique comparée et caractérisation fonctionnelle des protéines TRIM (finTRIM, btr) Développement de lignées transgéniques de poisson zèbre d’intérêt pour l’étude des mécanismes inflammatoires des vertébrés Analyses des réponses B et T aux infections et aux vaccins : diversité et modifications des répertoires immunitaires Marquage de protéines TRIM dans deux lignées différentes de cellules (COS, EPC) Détection de fluorescence GFP dans une larve de Zebrafish (©plateforme AMAGEN) II- Agents pathogènes et pathogénie Détermination de la séquence du génome de Flavobacterium psychrophilum Détermination des bases moléculaires de la virulence et de l'antigénicité pour les rhabdovirus des salmonidés (SHV, NHI) et suivie de l'évolution génétique des souches de terrain Etude par des techniques classiques et moléculaires des bactéries de la famille des Flavobacteriaceae pathogènes pour les poissons Surveillance de la résistance aux antibiotiques  III- Génétique et résistance de la truite à différentes infections Mécanismes de résistance ou d’hypersensibilité de la truite arc-en-ciel à l’infection par le virus de la SHV ou par Flavobacterium psychrophilum Participation à l'annotation du génome de la truite arc-en-ciel Responsables : Pierre Boudinot & Eric Duchaud L'équipe Infection et Immunité des Poissons compte actuellement : Membres de l'équipe Infection & Immunité des Poissons : Pierre BOUDINOT (DR) Eric DUCHAUD (DR) Christelle LANGEVIN (CR) Tatiana ROCHAT (CR) Jean François BERNARDET (IR) Luc JOUNEAU (IR) Brigitte KEROUAULT (TR) Aurélie LUNAZZI (TR) Armel HOUEL (TR) Nam DO KHOA (CDD IE) Elina ALEKSEJEVA (Thèse) Susana MAGADAN (Post Doc) David PEREZ (Post Doc) Cécile IRVOAS (CDD AI)