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Stockage des images

Les différents plateaux techniques de microscopie ont mis en place une sauvegarde des données sur des serveurs¹ et des NAS^1,2,3.  

contact 1 : Pierre Adenot, UMR 1198 INRAE BREED

contact 2 : Matthieu Simion, UMR1198 INRAE BREED

contact 3 : Vlad Costache, UMR1319 INRAE MICALIS

Logiciels et analyse d'images

Plusieurs logiciels commerciaux ou libres sont disponibles pour les utilisateurs de la plate-forme MIMA2 sur quatre stations d'analyse d'images :

• Poste 1 : Imaris (Bitplane), Fiji, Zen (Zeiss).
• Poste 2 : Mercator (Explora Nova).

Pour utiliser ces stations merci de contacter P. Adenot, M. Simion ou V. Costache (Poste 1) et A. Tarrade (Poste 2). 

Dans le cadre de projets de recherche, des programmes sont aussi développés en utilisant le logiciel ITK dans sa version wrapITK pour Python.

Lehmann G., Pincus Z., Regrain B. 2006. WrapITK : Enhanced languages support for the Insight Toolkit. The Insight Journal, http://hdl.handle.net/1926/188.

Ces outils utilisant la librairie ITK permettent de réaliser des traitements par lots pour extraire des informations en analyse d'images.

Andrey P, Kiêu K, Kress C, Lehmann G, Tirichine L, et al. 2010 Statistical Analysis of 3D Images Detects Regular Spatial Distributions of Centromeres and Chromocenters in Animal and Plant Nuclei. PLoS Comput Biol 6(7): e1000853. doi:10.1371/journal.pcbi.1000853.

Aguirre-Lavin T, Adenot P, Bonnet-Garnier A, Lehmann G, Fleurot R, Boulesteix C, Debey P, Beaujean N. 3D-FISH analysis of embryonic nuclei in mouse highlights several abrupt changes of nuclear organization during preimplantation development. BMC Dev Biol. 2012 Oct 24;12(1):30.