MIMA2 est une Infrastructure Scientifique Collective INRAE de Microscopie et d'Imagerie			INRAE OC N°35 CNOC, Plateforme labellisée Ibisa et ISC INRAE
Dédiée aux micro-organismes et aux animaux vivants, Spécialisée en microscopies confocale et électronique des pathogènes de classe 2 et des commensaux (prions, virus, phages, bactéries, champignons), Spécialisée dans l'imagerie dynamique et non-invasive des processus physiopathologiques chez les espèces modèles (souris et poisson-zèbre) et agricoles (truites, lapins, cochons et moutons), Ouverte à tous les scientifiques INRAE, aux utilisateurs externes académiques et privés, Offre une variété de méthodes personnalisables pour chaque projet et une large gamme de services allant du service tout inclus au travail autonome.
Gouvernance & organisation Responsable opérationnel: V. Costache Responsables scientifiques:  C. Cotinot & P. Noirot 3 comités: 1 comité de pilotage  (5 responsables d’équipement), 1 comité de direction (4 référents scientifiques), 1 Comité Scientifique des Utilisateurs 6 ETP
MIMA2 en chiffres Créée en 2003 10 microscopes, 17 équipements d'imagerie, 3 unités de stockage de données. Plus de 300 utilisateurs, dont 40 collaborateurs industriels Actions de formation et de tutorat (5/an) 130 publications (2015-2018)

La plateforme MIMA2 (Microscopie et Imagerie des Micro-organismes, Animaux et Aliments) regroupe des équipements complémentaires offrant la possibilité de travailler de l'échelle nanoscopique à l'animal entier, sur des échantillons vivants, pathogènes, ou préparés. Elle est ouverte à toutes demandes extérieures sur tous les sujets d’études dans la limite de la capacité de ses instruments. Elle est localisée sur le centre INRAE Ile-de-France-Jouy-en-Josas-Antony (78).

La plateforme propose son savoir-faire et son espace laboratoire pour les échantillons qui y seront traités (compétences vétérinaires et chirurgicales, protocoles et automates de préparation, possibilité de travailler en environnement confiné L2, en autonomie ou en prestation).  Elle possède une expertise scientifique pluridisciplinaire : développement de l’embryon et de ses annexes, cardiologie, composition en tissus des mammifères modèles biomédicaux ou d’intérêt agronomique, les micro-organismes et les matrices alimentaires.

La plateforme regroupe des équipements de microscopie et d'imagerie de plusieurs unités de recherches INRAE (UMR 1198 BREED, UMR 1319 MICALIS, UMR 1313 GABI). Elle est référencée Outil Collectif N°35 avec le label "plateforme stratégique régionale". Elle est aussi identifiée dans le réseau des plateformes du département de recherche Sciences De la Vie de l'Université Paris-Saclay dans le domaine d'innovation "qualité de vie, santé et aliments".

La plateforme MIMA2 est aidée par la Région Ile-de-France   

Son attractivité réside dans la possibilité de travailler de l'échelle nanoscopique jusqu'à l'animal entier (nombreux modèles dont certains grands mammifères), sur des échantillons vivants ou pathogènes, voire même les deux, et sur la complémentarité des équipements entre les sites. Concernant la microscopie, elle est dotée d'un équipement de microscopie électronique en transmission (MET), d'un équipement de microscopie électronique à balayage (MEB), de 2 équipements de microscopie confocale à balayage laser (CLSM), d'un microscope à feuille de lumière, et de vidéomicroscopes à illumination structurée (Apotome). Pour sa composante Imagerie, elle dispose d'un système d'imagerie confocale fibrée (CellVizio), et d'équipements d'imagerie médicale permettant de faire de l'échographie 3D et de la densitométrie (IDXA).

La microscopie électronique permet de descendre à l’échelle des organites cellulaires mais il n'est alors plus question de matériel vivant. Dans le cas du microscope électronique à transmission, on observe des coupes de tissus alors qu'au microscope électronique à balayage l’échantillon apparaît en volume. C'est ainsi que la structure et l’évolution de gels, de mousses ou d’émulsions sont dévoilées, à moins que l'on ne préfère étudier les interactions entre les bactéries et leur support par exemple. Les techniques dites cryo, beaucoup plus délicates à mettre en œuvre que la fixation classique, améliorent cependant la préservation de certaines molécules (comme les protéines pour des localisations par immunomarquage) et l’immobilisation d’ions pour des microanalyses élémentaires dans les coupes (fer, calcium…).

La microscopie confocale à balayage permet d'observer des échantillons entiers: un embryon, une cellule ou une bactérie. Il est possible de suivre la diffusion d'une substance fluorescente injectée dans une cellule ou un groupe de cellules en fonction des conditions expérimentales ou au cours du temps (pendant le développement embryonnaire par exemple). Dans le cas de matériel vivant, il est même possible d'obtenir des informations dynamiques en temps réel, par exemple sur la viabilité des cellules. Associée à un système d'analyse d'images, la microscopie confocale permet de reconstituer des structures en deux ou trois dimensions.

L'imagerie fibrée permet des observations confocale à l'échelle de la cellule dans des tissus ou un animal vivant. Ce système proche d'un endoscope mais avec une résolution de quelques microns permet des explorations en temps réel dans un animal ou un organe.

En imagerie médicale, l'échographie avec les modes volumique et Doppler permet de visualiser sur l'animal entier le développement foeto-placentaire, des organes, mais aussi d'accéder à des paramètres tels que le flux sanguin, et des mesures de biométrie. L'absorptiomètre IDXA présente l'avantage de pouvoir évaluer la composition corporelle et mesurer la masse grasse d'un individu et sa densité osseuse.

Une plateforme largement ouverte sur l'extérieur

De nombreuses unités du campus de Jouy-en-Josas utilisent déjà la plateforme sur l'un ou l'autre des sites. De nombreuses collaborations ont été développées avec l'extérieur, ce qui permet de maintenir des compétences et des techniques de pointe et de les adapter à nos objets de recherche. Parmi les utilisateurs extérieurs, citons l'Institut Pasteur, divers laboratoires du CNRS, et des entreprises. Le site est spécialisé dans les problèmes liés à la sécurité alimentaire. Il est notamment possible de préparer et d'observer sur place des échantillons contenant des agents pathogènes de classe 2 (Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa). Le site est utilisé également pour des recherches en biologie du développement, trafic intracellulaire, nutrition, olfaction, santé animale, interaction hôte-bactérie et bioinformatique. L'imagerie médicale pour la reproduction et le développement est un des membres du réseau de coopération scientifique Premup (APHP, INSERM), mais il reste ouvert aux autres collaborations. 

La multidisciplinarité des utilisateurs de la plateforme permet d'assurer le renouvellement des matériels et de préserver les compétences de pointe. Des colloques et séminaires sont régulièrement organisés sur place (Symposium de microscopie photonique et Journées Scientifiques et Techniques du réseau des microscopistes INRAE). La plateforme participe également à des actions de formation (Mifobio 2014 et 2016, ANF CNRS CLEM 2021).