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Thématiques de recherche

• Diversité et dynamique des virus microbiens dans les écosystèmes de méthanisation
• Hydrolyse et méthanisation des déchets lignocellulosiques
• Compréhension de la structuration des communautés microbiennes (méthodes moléculaires, méta-omiques, analyses bioinformatiques et statistiques)
• Coordination du développement d’un entrepôt de données méta-omiques pour les procédés de biotechnologies environnementales (DeepOmics)

Projets en cours et passés

• Projet ANR VIRAME (2017-2022) | Caractérisation in situ du contenu génomique de virus d’archées méthanogènes au sein de bioprocédés de fermentation de déchets organiques
• Projet DeepOmics (2014-2021) | Développement d’un entrepôt de données méta-omiques issues de procédés de biotechnologies environnementales - Financements interne Irstea (2014-2019) puis INRAE, département MICA (2020-2021)
• Projet régional Île-de-France R2DS (2010-2013) | Codigestion de déchets organiques : optimisation des rendements de dégradation des fractions lignocellulosiques et des conditions de dégradation de micropolluants organiques
• Actions du programme de recherche Mocopée en métrologie
• Accueil de doctorants et post-doctorants d’universités brésiliennes dans le cadre de mobilités internationales financées par la FAPESP

Parcours scientifique

• Depuis 2008 | Chercheuse en écologie microbienne des procédés de biotechnologies environnementales, au sein de l’unité PROSE (anciennement HBAN)
• 2005-2009 | Doctorat en sciences de l’environnement - Institut Pasteur, Paris – Virus d'archées : interaction avec un hôte hyperthermophile, isolement d'un virus d'habitat géothermique, motifs courts exceptionnels dans les génomes.

Sélection de publications

• Comparative metatranscriptomic analysis of anaerobic digesters treating anionic surfactant contaminated wastewater. Delforno, T.P., Macedo, T.Z., Midoux, C., Lacerda, G.V., Rué, O., Mariadassou, M., Loux, V., Varesche, M.B.A., Bouchez, T., Bize, A., Oliveria, V.M. (2019). Science of The Total Environment, 649:482-494. DOI: 10.1016/j.scitotenv.2018.08.328
• Whole Proteome Analyses on Ruminiclostridium cellulolyticum Show a Modulation of the Cellulolysis Machinery in Response to Cellulosic Materials with Subtle Differences in Chemical and Structural Properties. Badalato, N., Guillot, A., Sabarly, V., Dubois, M., Pourette, N., Pontoire, B., Robert, P., Bridier, A., Monnet, V., Sousa, D.Z., Durand, S., Mazéas, L., Buléon, A., Bouchez, T., Mortha, G., Bize, A. (2017). PLoS One 12(1):e0170524-e0170524. DOI: 10.1371/journal.pone.0170524
• New insights into the key microbial phylotypes of anaerobic sludge digesters under different operational conditions. Hao, L., Bize, A., Conteau, D., Chapleur, O., Courtois, S., Kroff, P., Desmond-Le Quéméner, E., Bouchez, T., Mazéas, L. (2016). Water Research 102:158-169. DOI: 10.1016/j.watres.2016.06.014
• Shotgun metaproteomic profiling of biomimetic anaerobic digestion processes treating sewage sludge.Bize, A., Cardona, L., Desmond-Le Quéméner, E., Battimelli, A., Badalato, N., Bureau, C., Madigou, C., Chevret, D., Guillot, A., Monnet, V., Godon, J-G., Bouchez, T. (2015). PROTEOMICS 15(20):3532-3543. DOI: 10.1002/pmic.201500041
• Metaproteomics of cellulose methanisation under thermophilic conditions reveals a surprisingly high proteolytic activity. Lü, F., Bize, A., Guillot, A., Monnet, V., Madigou, C., Chapleur, O., Mazéas, L., He, P., Bouchez, T. (2014). The ISME Journal, 8(1):88-102. DOI: 10.1038/ismej.2013.120
• A unique virus release mechanism in the Archaea.Bize, A., Karlsson, E.A., Ekefjärd, K., Quax, T.E.F., Pina, M., Prevost, M-C., Forterre, P., Tenaillon, O., Bernander, R., Prangishvili, D. (2009). Proceedings of the National Academy of Sciences 106(27):11306. DOI: 10.1073/pnas.0901238106
• Viruses in acidic geothermal environments of the Kamchatka Peninsula.Bize, A., Peng, X., Prokofeva, M., MacLellan, K., Lucas, S., Forterre, P., Garrett, R.A., Bonch-Osmolovskaya, E.A., Prangishvili, D. (2008). Research in Microbiology 159(5):358-366. DOI: 10.1016/j.resmic.2008.04.009

Enseignement

• Cours d’ouverture « Introduction aux Sciences du Vivant », en 1^ère année de l’école des Ponts ParisTech.

Encadrement

Doctorant.e.s

• Hoang Ngo (ANR VIRAME)
• Franciele Camargo (FAPESP)
• Lays Leonel (FAPESP)
• Nelly Badalato (projet régional R2DS)
• Andreia Salvador (University of Minho, Portugal)

Post-doctorant.e.s

• Tiago Palladino Delforno (FAPESP)
• Liping Hao (Suez)
• Fan Lü (ANR DANAC)