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Les techniques de clarification de tissus consistent à réduire l’absorption et la diffusion de la lumière à travers un tissu biologique pour le rendre transparent. Elles permettent l’observation tridimensionnelle (3D) de tissus de grande taille (organes, organoïdes ou organismes) à des résolutions cellulaires. Le plateau d’imagerie in vivo et transparisation de l’IERP réalise des prestations en transparisation, en particulier pour l’étude des maladies infectieuses. Menés en collaboration avec des scientifiques de l’unité VIM, des travaux récents ont permis de décrire le tropisme du Virus Respiratoire Syncytial (VRS), principal agent responsable de bronchiolite du nouveau-né, dans la cavité nasale de souris infectées, montrant la capacité du virus à infecter les neurones sensoriels olfactifs. La présente étude s’intéresse à la caractérisation de l’infection  par le VRS dans le poumon de souris. En combinant des approches d’immunohistochimie in toto, de clarification et d’imagerie à feuille de lumière couplées à une analyse 3D, les cellules infectées ont été caractérisées sur la base de leur morphologie et de leur distribution dans le tissu pulmonaire. Les observations en microscopie biphotonique ont également permis d’observer, à un niveau subcellulaire, les usines virales cytoplasmiques, typiques de l’infection, dans les cellules infectées.