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Dernière mise à jour : Mai 2021

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Virologie et Immunologie Moléculaires

Unité de Virologie et Immunologie Moléculaires

Répertoire des interférons et de leurs récepteurs potentiels chez la Barbue (Ictalurus punctatus)

Figure 1B

Dans un article paru dans Fish & Shellfish Immunology, Pierre Boudinot (Unité de Virologie et Immunologie Moléculaires - VIM, INRAE/UVSQ/UPSaclay, Jouy-en-Josas) et des collègues de Stoneville et Jackson (Mississippi, USA) décrivent le répertoire complet des interférons ( IFN) et des gènes récepteurs d'IFN de la barbue de rivière, Ictalurus punctatus (Rafinesque, 1818), une espèce d’aquaculture de premier plan en Amérique du Nord.

Sur la base de multiples ressources génomiques et transcriptomiques, les chercheurs ont identifié 16 gènes d’interféron de type I, qui appartiennent aux six sous-groupes d’interférons de type I précédemment définis chez les salmonidés (a-f). Aucun représentant du sous-groupe h précédemment décrit uniquement chez les percomorphes n'a été identifié. Une expansion du nombre de copies des gènes d’interféron du sous-groupe d est particulièrement intrigante ; en effet une telle expansion n’a pas été observée chez d’autres espèces, et la fonction des interférons d est inconnue à ce jour.

Ils ont aussi confirmé la présence de deux gènes d’interférons de type II codant pour des orthologues de l'IFNγ, et de l'IFNγRel spécifique aux téléostéens. Six homologues des gènes du récepteur de l'IFN de type I ont été trouvés dans une région qui montre une synténie conservée avec le chromosome 21 humain. Trois homologues des gènes des récepteurs IFN de type II ont également été identifiés.

Ces données fournissent une première description complète des interférons et de leurs récepteurs potentiels de la barbue de rivière.

Légende Figure : Arbre de distance des IFNφ de la barbue de rivière et d'autres espèces de poissons. Les séquences d'acides aminés ont été alignées en utilisant CLUSTAL Omega, et l'arbre a été construit par la méthode NJ en utilisant 1000 réplications bootstrap dans le logiciel MEGA X. Les identifiants des séquences utilisées sont : Danio rerio IFNφ1 (a1)-NP_997523.1, IFNφ2(c1)-NP_001104552.1, IFNφ3-NP_001104553.1, IFNφ4-ACR78436, Argyrosomus regius IFNc-AVD96636.1, IFNd-AVD96637.1, IFNh-AVD96638.1, Oncorhynchus mykiss IFNb5-CCV17399, IFNc1-CCV17402.1, IFNe1-CCV17406.1, IFNfl-CCV17 413.1, IFNd1-NP 001152811, Oreochromis nilotica, IFNc-MN836584.1, IFNd-XM_019362697.2, IFNh-XM_019357531.2, Lates calcarifer IFNh-XM 018661409, Pangasianodon hypophthalmus IFNb1-XP 034154535.1, IFNe1-XM_034298647.1, Gadus morhua, IFNb-XP 030206205, Acipenser ruthenus IFNf-XP 03391294. Pour la barbue de rivière (Ictalurus punctatus) : ifnϕa1-M315276, ifnϕa2-M315277, ifnϕa3-M315278, ifnϕb1-M315279, ifnϕb2-M315280, ifnϕc1-M315281, ifnϕd1-M315282, ifnϕd2-M315283, ifnϕd3-M315284, ifnϕd4-M315285, ifnϕd5-M315286, ifnϕe1-M315287, ifnϕe2-M315288, ifnϕf1-M315289, ifnϕf2-M315290, ifnϕf3-M315291.

Voir aussi

Sylvie M.A. Quiniou, Jonathan Crider, Kristianna L. Felch, Eva Bengtén, Pierre Boudinot (2022) Interferons and interferon receptors in the channel catfish, Ictalurus punctatus. Fish Shellfish Immunol 123:442-452