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Dernière mise à jour : Mai 2021

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Virologie et Immunologie Moléculaires

Unité de Virologie et Immunologie Moléculaires

Soutenance de thèse - Pierre Lopez

24/05/2022 à 20h - Visioconférence

Epidémiologie des bactéries du genre Tenacibaculum, associées aux épisodes de mortalité du Platax oricularis d’élevage

Pierre Lopez (équipe IIP) a le plaisir de vous convier à sa soutenance de thèse intitulée "Epidémiologie des bactéries du genre Tenacibaculum, associées aux épisodes de mortalité du Platax oricularis d’élevage". La soutenance a eu lieu le mardi 24 mai 2022 à 20h en visioconférence.

Résumé 

Le Paraha peue (Platax oricularis) est l’espèce emblématique sur laquelle s’est porté le développement de la pisciculture marine en Polynésie française. Depuis près de dix ans, des épisodes récurrents de mortalité regroupées sous le terme générique de « la maladie des taches blanches » sont responsables d’importantes pertes peu après la mise en cage des alevins dans les lagons et menacent la filière piscicole. Au moins une espèce bactérienne, du genre Tenacibaculum a pu être associée à ces épisodes infectieux. Toutefois, la compréhension de ces pathologies reste pour le moment sommaire et aucune étude épidémiologique n'a été réalisée pour déterminer l'origine et la diversité des agents pathogènes responsables de ces épisodes infectieux en Polynésie française.

L’objectif de mon projet de thèse est de préciser le ou les agent(s) étiologique(s) responsable(s) et d’en étudier leur diversité et leur répartition. Pour répondre à cette problématique, des campagnes d’échantillonnage ont permis de collecter plus de six cents isolats qui ont par la suite été identifiés. Grâce aux données d’identification, nous avons mis en évidence une importante diversité d’espèces appartenant au genre Tenacibaculum présente dans les élevages polynésiens. Dans un second temps, la diversité intra-spécifique des agents responsables de « la maladie des taches blanches » a été étudiée par différentes approches moléculaires. Certains de ces outils, dont une méthode de sérotypage moléculaire, ont été développés spécifiquement dans le cadre de cette étude. Pour finir, un cycle de production à fait l’objet d’un suivi zootechnique, environnemental et zoosanitaire poussé. Cette dernière étude a permis de révéler que des phénomènes de co-infection par plusieurs sérotypes différents de T. maritimum sont fréquemment rencontrés lors d’épisodes d’infection naturelle survenant dans les élevages.  Au regard des résultats obtenus, des hypothèses épidémiologiques et des pistes de progrès ont pu être proposées.

Abstract

The Paraha peue (Platax oricularis) is the emblematic species on which the development of marine fish farming in French Polynesia has focused. For nearly 10 years, recurrent episodes of mortality grouped under the generic term "white spot disease" has been responsible for major losses soon after the fry are introduced into the lagoon cages and is a serious threat to Polynesian fish aquaculture. At least one bacterial species, of the genus Tenacibaculum, has been associated with these infectious outbreaks. However, the pathology remains poorly understood and no epidemiological study has been conducted to determine the origin and diversity of the pathogens in French Polynesia.

The objective of my PhD project is to identify the etiological agent(s) responsible(s) and to study their diversity and distribution. Large-scale sampling campaigns allowed to obtain more than 600 bacterial isolates which were further identified by DNA sequencing. Due to this effort, we have highlighted an important diversity of species belonging to the genus Tenacibaculum present in Polynesian farms. In a second step, the intra-specific diversity of T. maritimum was investigated by different molecular approaches. Some of these tools, such as molecular serotyping PCR, have been developed for the purpose of this study. Finally, a production cycle was monitored for zootechnical, environmental and zoosanitary reasons. This last study revealed that co-infection phenomena by different T. maritimum serotypes are frequently encountered during natural infection episodes occurring in the farms.  In view of the results obtained, epidemiological hypotheses and avenues for progress were proposed.

Le jury sera composé de :

Rapporteurs

  • Michel-Yves Mistou, Directeur de Recherche - Centre International de Ressources Microbiennes – INRAE
  • Ségolène Calvez, Cadre de Recherche - Unité de biologie, épidémiologie et analyse de risque en santé animale – ONIRIS & INRAE

Examinateurs

  • Guillaume Mitta, Professeur des universités, Unité Ressources Marines de Polynésie française – Centre Ifremer du Pacifique – CNRS                                                                                            
  • Nabila Gaertner-Mazouni, Professeure des universités – Université de la Polynésie française
  • Isabelle Arzul, Cadre de Recherche – Unité Adaptation et Santé des Invertébrés Marins – Ifremer

Directeurs de thèse : Dr Denis Saulnier, CR Centre Ifremer du Pacifique et Dr Eric Duchaud, Directeur de recherche au Centre INRAE de Jouy-en-Josas 

Url : https://www.youtube.com/watch?v=q055kuzXD7U